git-new-workdir + rsync でワーキングディレクトリの Git 管理外のファイルも複製する ref: http://qiita.com/kitsuyui/items/4c4c3122f96605e221d6

cp-work-dir

#!/usr/bin/env bash
set -eu

if [ "$#" -ne 2 ]; then
    echo "Usage: $0 source_dir target_dir" >&2
    exit 1
fi

srcdir="$1"
dstdir="$2"

git-new-workdir "$srcdir" "$dstdir"
rsync -Hax --exclude .git "$srcdir/" "$dstdir"

cp-workdir

#!/usr/bin/env bash
set -eu

if [ "$#" -ne 2 ]; then
    echo "Usage: $0 source_dir target_dir" >&2
    exit 1
fi

srcdir="$1"
dstdir="$2"

git-new-workdir "$srcdir" "$dstdir"
rsync -Hax --exclude .git "$srcdir/" "$dstdir"

file1.txt

$ cp-workdir コピー元ディレクトリ コピー先ディレクトリ