etoolbox のパッチ関係コマンドを自作のマクロ内に入れると……

etoolbox-mypatchcmd-test.tex

\documentclass{minimal}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{etoolbox}

\makeatletter

% パッチを当てて，失敗したときだけ定型のエラーメッセージを出したいとする．
% いちいち面倒なのでマクロ化する．
\newrobustcmd*{\mypatchcmdi}[3]{% 一見良さそうだが，実はダメ．
  \patchcmd{#1}{#2}{#3}{}{\message{^^JError!: \string#1, #2, #3^^J}}}

\long\def\mypatchcmdii@#1#2#3#4{#1{#2}{#3}{#4}{}{\message{^^JError!: \string#2, #3, #4^^J}}}
\newrobustcmd*{\mypatchcmdii}{% これならOK．
  \etb@dbg@trce\mypatchcmdii
  \begingroup
  \@makeother\#%
  \mypatchcmdii@\etb@patchcmd}
\makeatother

\begin{document}

\def\hoge{a}

\mypatchcmdi{\hoge}{a}{b}
\meaning\hoge                   % OK

\mypatchcmdii{\hoge}{b}{a}
\meaning\hoge                   % OK

\def\hoge#1#2{#1}

\mypatchcmdi{\hoge}{#1}{#2}
\meaning\hoge                   % NG!!  #1, #2 が ##1, ##2 に化けてしまう．

\mypatchcmdii{\hoge}{#1}{#2}
\meaning\hoge                   % OK

\end{document}

biblatex では不用意に \DeclareBibliographyExtras 内にパラメータ入りのパッチを書くと失敗するというさらなる罠が……．
どうせ \scantokens されるので \catcode`#=12 しておくのが正解（という理解でいいのか？）．

参考：
http://tex.stackexchange.com/questions/113147/patching-arguments-inside-a-macro