Abra um terminal e digite o comando a seguir substituindo os dados pelos seu programa:
sudo nano /usr/share/applications/NOME-DO-SEU-PROGRAMA.desktop
E cole essa configuração dentro do editor nano e mude as configurações de acordo com seu programa:
[Desktop Entry]
Encoding=UTF-8
Name=NOME-DO-SEU-PROGRAMA
Comment=DESCRIÇÃO-DOSEU-PROGRAMA
Exec=/CAMINHO-ONDE-ESTA- SEU-PROGRAMA
Icon=/CAMINHO-DO-ICONE-DO-SEU-PROGRAMA.png
Terminal=false
Type=Application
Categories=GNOME;Application;Development;
StartupNotify=true
CTRL + x para sair e salvar. Vai perguntar se voce quer sair escolha s ou y
No menu de aplicações vai aparecer o ícone do seu programa, Ai é só arrastar ele para o Desktop.