gistfile1.js

$('div[id*="taxonomy-"]').find('input[type="checkbox"], input[type="radio"]').live('change', function(){
  setTimeout(function() {
    acf.data.taxonomy = ['0'];

    $('div[id*="taxonomy-"] input:checked').each(function(){
      acf.data.taxonomy.push($(this).val())
    });

    update_fields();
  }, 0);
});