Clase que permite abrir archivos detectando su encoding en forma automática, muy útil para trabajar con archivos codificados en WIndows Ansi, UTF8, Unicode, etc. Un problema que se está haciendo demasiado frecuente. Usa la biblioteca universalchardet de Mozilla

gistfile1.java

import org.mozilla.universalchardet.UniversalDetector;

import java.io.*;
import java.nio.charset.Charset;

public class DetectEncoding {

    private static final int BUF_SIZE = 4096;

    // open a BufferedReader detect encoding
    public static BufferedReader openStream(String filename) throws IOException {
        String charsetName = detectEncoding(filename);
        Charset charset = charsetName == null ? Charset.defaultCharset() : Charset.forName(charsetName);
        return new BufferedReader(new InputStreamReader(new FileInputStream(filename), charset));
    }

    // detect encoding of filename
    public static String detectEncoding(String filename) throws  IOException{
        FileInputStream fis = new FileInputStream(filename);
        UniversalDetector detector = new UniversalDetector(null);
        int nread;
        byte[] buf = new byte[BUF_SIZE];
        while ((nread = fis.read(buf)) > 0 && !detector.isDone()) {
            detector.handleData(buf, 0, nread);
        }
        detector.dataEnd();
        String charset =  detector.getDetectedCharset();
        detector.reset();
        return charset;
    }

}