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@lvegro
lvegro / gp-scadenti.R
Created January 8, 2022 20:02
codice gp scaduti
require(scales)
require(tidyverse)
require(rjson)
library(scales)
Sys.setlocale(locale="it_IT.UTF-8")
last_update <-
fromJSON(file = "https://raw.githubusercontent.com/italia/covid19-opendata-vaccini/master/dati/last-update-dataset.json")
@lvegro
lvegro / booster-gap.R
Last active January 4, 2022 08:41
Differenze booster/scadenze GP
require(scales)
require(tidyverse)
require(rjson)
require(scales)
Sys.setlocale(locale="it_IT.UTF-8")
last_update <-
fromJSON(file = "https://raw.githubusercontent.com/italia/covid19-opendata-vaccini/master/dati/last-update-dataset.json")
@lvegro
lvegro / tassi-vx.R
Created January 1, 2022 17:04
tassi di crescita ricoveri covid19 per stato vaccinale
require(readr)
require(tidyverse)
require(ggnewscale)
Sys.setlocale(locale="it_IT.UTF-8")
nosignfmt <- function(l){
return(abs(l))
}
@lvegro
lvegro / riduzione-rischio-decessi.tsv
Created September 5, 2021 09:27
riduzione-rischio-decessi.tsv
eta prob pre_post_vax
30 0.00166 pre
35 0.003467 pre
40 0.008981 pre
45 0.021878 pre
50 0.038607 pre
55 0.069183 pre
60 0.12784 pre
65 0.215443 pre
70 0.311411 pre
@lvegro
lvegro / vx-seniority.R
Last active November 9, 2021 11:40
Tempo trascorso dalle vaccinazioni - ITA
library(tidyverse)
library(readr)
library(ggthemes)
library(rjson)
last_update <- fromJSON(file = "https://raw.githubusercontent.com/italia/covid19-opendata-vaccini/master/dati/last-update-dataset.json")
last_update <- substr(last_update[[1]], 1, 19)
last_update <- gsub("T", " ", last_update)
last_update <- as.POSIXct(last_update) + 2 * 60 * 60
gamma.parms.from.quantiles <- function(q, p=c(0.025,0.975),
precision=0.001, derivative.epsilon=1e-3, start.with.normal.approx=T, start=c(1.1, 1.1), plot=F, plot.xlim=numeric(0))
{
# Version 1.0.2 (December 2012)
#
# Function developed by
# Lawrence Joseph and Patrick Bélisle
# Division of Clinical Epidemiology
# Montreal General Hospital
# Montreal, Qc, Can
@lvegro
lvegro / README.md
Created May 11, 2021 18:40
Heatmap per performance comparata vaccinazioni regioni italiane

Work in progress

image

@lvegro
lvegro / descrizione-diagrammi-fase.md
Created May 10, 2021 20:10
descrizione diagrammi di fase (phase portrait) per TI

I grafici rappresentano, per ciascuna regione, l'evoluzione dell'epidemia attraverso i dati sull'occupazione dei posti letto in terapia intensiva. Ogni giorno è rappresentato da un punto, la cui posizione dipende dal numero di nuovi ingressi (ascisse) e dai posti letto totali occupati (ordinate).

Col passare del tempo i punti "disegnano" una traiettoria: un movimento verso l'alto e verso destra (ovvero, maggiori ingressi e aumento di pazienti totali in TI) indica un peggioramento, tanto più rapido quanto più ripida è la salita; viceversa una discesa verso sinistra indica un miglioramento (calo sia del numero di nuovi ingressi che del totale). Se i punti si accavallano, o cambiano direzione all'improvviso, questo può indicare uno "stallo" della situazione epidemica.

library(readr)
library(tidyverse)
library(zoo)
library(tidyquant)
library(ggtext)
gotosaturday <- function(date){
offset = 1 - lubridate::wday(date, week_start = 7)
return(date + offset)
}
@lvegro
lvegro / ricoveri-sintomatici-iss.csv
Created April 24, 2021 16:38
Incidenza ricoveri / sintomatici per fasce anziane estratte da rapporto ISS
data tipo_dato fascia_eta x valore
5 10 2020 ricoveri 80+ -1.083333333 19.09313725
12 10 2020 ricoveri 80+ -0.041666667 39.70588235
19 10 2020 ricoveri 80+ 1 70.31862745
26 10 2020 ricoveri 80+ 2.041666667 99.75490196
2 11 2020 ricoveri 80+ 3.041666667 126.8137255
9 11 2020 ricoveri 80+ 4.083333333 128.8970588
16 11 2020 ricoveri 80+ 5.125 118.627451
23 11 2020 ricoveri 80+ 6.166666667 103.3578431
30 11 2020 ricoveri 80+ 7.208333333 90.73529412