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@maedoc

maedoc/om-install-trace.txt

Created January 29, 2019 09:26
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Trace of OpenMEEG install on macOS as conda package
Raw
om-install-trace.txt
(base) ~ conda create -n openmeeg python -y
Solving environment: done
==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
current version: 4.5.12
latest version: 4.6.1
Please update conda by running
$ conda update -n base -c defaults conda
## Package Plan ##
environment location: /Users/duke/miniconda3/envs/openmeeg
added / updated specs:
- python
The following NEW packages will be INSTALLED:
ca-certificates: 2018.12.5-0
certifi: 2018.11.29-py37_0
libcxx: 4.0.1-hcfea43d_1
libcxxabi: 4.0.1-hcfea43d_1
libedit: 3.1.20181209-hb402a30_0
libffi: 3.2.1-h475c297_4
ncurses: 6.1-h0a44026_1
openssl: 1.1.1a-h1de35cc_0
pip: 18.1-py37_0
python: 3.7.2-haf84260_0
readline: 7.0-h1de35cc_5
setuptools: 40.6.3-py37_0
sqlite: 3.26.0-ha441bb4_0
tk: 8.6.8-ha441bb4_0
wheel: 0.32.3-py37_0
xz: 5.2.4-h1de35cc_4
zlib: 1.2.11-h1de35cc_3
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: -\|/| -\|-\|-\ /-\-|\|-done
g#
# To activate this environment, use
#
# $ conda activate openmeeg
#
# To deactivate an active environment, use
#
# $ conda deactivate
(base) ~ source activate openmeeg
(openmeeg) ~ conda install -c conda-forge openmeeg
Solving environment: done
==> WARNING: A newer version of conda exists. <==
current version: 4.5.12
latest version: 4.6.1
Please update conda by running
$ conda update -n base -c defaults conda
## Package Plan ##
environment location: /Users/duke/miniconda3/envs/openmeeg
added / updated specs:
- openmeeg
The following packages will be downloaded:
package | build
---------------------------|-----------------
clangdev-4.0.0 | default_0 62.8 MB conda-forge
libgfortran-3.0.0 | 1001 495 KB conda-forge
blas-1.1 | openblas 1 KB conda-forge
libmatio-1.5.12 | 1 538 KB conda-forge
openssl-1.0.2p | h1de35cc_1002 3.0 MB conda-forge
python-3.6.6 | h4a56312_1003 15.0 MB conda-forge
certifi-2018.11.29 | py36_1000 145 KB conda-forge
setuptools-40.7.0 | py36_0 604 KB conda-forge
ca-certificates-2018.11.29 | ha4d7672_0 143 KB conda-forge
icu-58.2 | h0a44026_1000 22.3 MB conda-forge
wheel-0.32.3 | py36_0 34 KB conda-forge
libxml2-2.9.8 | hf14e9c8_1005 1.9 MB conda-forge
openblas-0.2.20 | 8 20.1 MB conda-forge
openmp-4.0.0 | 1 195 KB conda-forge
libiconv-1.15 | h1de35cc_1004 1.3 MB conda-forge
openmeeg-2.4.1 |py36_blas_openblash363dde8_200 808 KB conda-forge
numpy-1.15.2 |py36_blas_openblashd3ea46f_1 4.0 MB conda-forge
pip-19.0.1 | py36_0 1.9 MB conda-forge
hdf5-1.8.18 | 3 4.0 MB conda-forge
llvmdev-4.0.0 | default_0 100.9 MB conda-forge
------------------------------------------------------------
Total: 240.1 MB
The following NEW packages will be INSTALLED:
blas: 1.1-openblas conda-forge
clangdev: 4.0.0-default_0 conda-forge
hdf5: 1.8.18-3 conda-forge
icu: 58.2-h0a44026_1000 conda-forge
libgfortran: 3.0.0-1001 conda-forge
libiconv: 1.15-h1de35cc_1004 conda-forge
libmatio: 1.5.12-1 conda-forge
libxml2: 2.9.8-hf14e9c8_1005 conda-forge
llvmdev: 4.0.0-default_0 conda-forge
numpy: 1.15.2-py36_blas_openblashd3ea46f_1 conda-forge [blas_openblas]
openblas: 0.2.20-8 conda-forge
openmeeg: 2.4.1-py36_blas_openblash363dde8_200 conda-forge [blas_openblas]
openmp: 4.0.0-1 conda-forge
The following packages will be UPDATED:
certifi: 2018.11.29-py37_0 --> 2018.11.29-py36_1000 conda-forge
pip: 18.1-py37_0 --> 19.0.1-py36_0 conda-forge
setuptools: 40.6.3-py37_0 --> 40.7.0-py36_0 conda-forge
wheel: 0.32.3-py37_0 --> 0.32.3-py36_0 conda-forge
The following packages will be DOWNGRADED:
ca-certificates: 2018.12.5-0 --> 2018.11.29-ha4d7672_0 conda-forge
openssl: 1.1.1a-h1de35cc_0 --> 1.0.2p-h1de35cc_1002 conda-forge
python: 3.7.2-haf84260_0 --> 3.6.6-h4a56312_1003 conda-forge
Proceed ([y]/n)? y
Downloading and Extracting Packages
clangdev-4.0.0 | 62.8 MB | ################################################################################# | 100%
libgfortran-3.0.0 | 495 KB | ################################################################################# | 100%
blas-1.1 | 1 KB | ################################################################################# | 100%
libmatio-1.5.12 | 538 KB | ################################################################################# | 100%
openssl-1.0.2p | 3.0 MB | ################################################################################# | 100%
python-3.6.6 | 15.0 MB | ################################################################################# | 100%
certifi-2018.11.29 | 145 KB | ################################################################################# | 100%
setuptools-40.7.0 | 604 KB | ################################################################################# | 100%
ca-certificates-2018 | 143 KB | ################################################################################# | 100%
icu-58.2 | 22.3 MB | ################################################################################# | 100%
wheel-0.32.3 | 34 KB | ################################################################################# | 100%
libxml2-2.9.8 | 1.9 MB | ################################################################################# | 100%
openblas-0.2.20 | 20.1 MB | ################################################################################# | 100%
openmp-4.0.0 | 195 KB | ################################################################################# | 100%
libiconv-1.15 | 1.3 MB | ################################################################################# | 100%
openmeeg-2.4.1 | 808 KB | ################################################################################# | 100%
numpy-1.15.2 | 4.0 MB | ################################################################################# | 100%
pip-19.0.1 | 1.9 MB | ################################################################################# | 100%
hdf5-1.8.18 | 4.0 MB | ################################################################################# | 100%
llvmdev-4.0.0 | 100.9 MB | ################################################################################# | 100%
Preparing transaction: done
Verifying transaction: done
Executing transaction: done
(openmeeg) ~ which om_assemble
/Users/duke/miniconda3/envs/openmeeg/bin/om_assemble
(openmeeg) ~ python
Python 3.6.6 | packaged by conda-forge | (default, Oct 12 2018, 07:24:56)
[GCC 4.2.1 Compatible Clang 4.0.1 (tags/RELEASE_401/final)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
>>> import openmeeg
Fatal Python error: PyThreadState_Get: no current thread
Abort trap: 6
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