Python - Lendo arquivo fasta

codigo.py

# lendo o arquivo busca.out
nomes = []
with open('busca.out') as arq:
	linhas = arq.readlines()
	for linha in linhas:
		nomes.append(linha.split(' ')[0])

# buscando os nomes no arquivo ensembl34.fa
with open('ensembl34.fa') as arq:
	linhas = arq.readlines()
	tam_linhas = len(linhas)
	# busca por cada nome nas linhas
	for nome in nomes:
		for i in range(tam_linhas):
			achou = linhas[i].find(nome)
			if achou != -1: # se achou algo
				print('Encontrou %s na linha %d' % (nome, i + 1))
		break