server.close() が2回呼ばれたが、1回目の server.close() で既に閉じていたため、「Not running error」が起きた。
server.close() は、サーバを閉じる（新規の接続をしない）が、生きている接続が切断されるまでは完全に閉じない。
Chrome はひとつのコネクションで複数のリクエストを送る。今回の場合は、favicon.ico が2個目のリクエストになっている。chrome://net-internals/#events でその動きが確認できる。この2個目のリクエスト時に、エラーが発生した。
動きを確認するために、telnet を用いて、HTTP/1.0 でアクセスしてみると、
> telnet 127.0.0.1 8080