.gitignore

*.swp

count.awk

#! /usr/bin/awk -f

BEGIN {RS = " "}

{
	gsub(",","")
	gsub("}","")
	gsub("{","")
	count[tolower($0)] += 1 
}

END {
	for(i in count)
		if (count[i] >= 5)
			print i, count[i]
}

scrub.sed

#! /usr/bin/sed -f

s/vivo/in vivo/
s/silico/in silico/
s/amino/amino acid/
s/cerevisiae/S. cerevisiae/
s/fba/FBA/ 45

/^ /d
/tabular/d
/\\/d
/\$/d
/\&/d
/^[0123456789]/d

/if /d
/in /d
/is /d
/it /d
/an /d
/as /d
/at /d
/be /d
/al /d
/by /d
/of /d
/from /d
/less /d
/much/d
/example /d
/examined /d
/further /d
/acid /d
/only /d
/using /d
/observed /d
/for /d
/correspond /d
/even /d
/more /d
/effect /d
/suggest /d
/will /d
/result /d
/single /d
/the /d
/may /d
/zero /d
/while /d
/have /d
/compare /d
/possible /d
/show /d
/are /d
/high /d
/coefficients /d
/two /d
/would /d
/this /d
/previous /d
/produced /d
/lower /d
/similar /d
/distributions /d
/factor /d
/predict /d
/use /d
/with /d
/giaever /d
/difference /d
/however /d
/predicted /d
/lack /d
/were /d
/larger /d
/three /d
/both /d
/function /d
/delneri /d
/when /d
/but /d
/no /d
/reducing /d
/through /d
/identify /d
/of /d
/close /d
/across /d
/on /d
/or /d
/where /d
/considered /d
/trend /d
/different /d
/derived /d
/poor /d
/should /d
/large /d
/index /d
/reduction /d
/not /d
/each /d
/plot /d
/encoding /d
/weak /d
/to /d
/which /d
/majority /d
/expected /d
/likely /d
/one /d
/levels /d