a.vim

function! s:tm(timer) abort
  " 何か時間のかかる処理
  for i in range(1000)
    let a = 1
  endfor
  if job_status(get(s:, 'job')) !=# 'run'
    call timer_stop(a:timer)
  endif
endfunction

let s:options = {
      \ 'out_mode': 'raw',
      \ 'err_mode': 'raw',
      \ 'out_io': 'buffer',
      \ 'err_io': 'buffer',
      \ 'out_name': 'output',
      \ 'err_name': 'output',
      \ }

function! Job() abort
  let s:job = job_start(['python', 'job.py'], s:options)
  " 環境によっては3msだと短すぎてVimが応答しなくなるかもなので調整して下さい
  call timer_start(3, function('s:tm'), {'repeat': -1})
endfunction

job.py

for _ in range(10000):
    print('.', end='', flush=True)

手順

vim a.vim
:so %
:call Job()
:buffer output

改行がたくさん入っていてつらいので連結
ggVGgJ

「手順」の最後 ggVGgJ は :%j! でも可です。