genetic sequence pattern algorithm using hash maps in go.

genetics.go

package main

import "fmt"

const GENES = "TACGTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGAGCTTGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCACTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGAGCTTGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATCTTGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCACTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGAGCTTGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATCTTGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCACTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGAGCTTGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCACTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGAGCTTGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATCTTGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGTTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCACTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGAGCTTGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATCTTGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCACTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGAGCTTGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCACTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGAGCTTGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATCTTGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGATGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAGCTTCTCATGTCGCATGATGCACTTGCATGTCGCATGATGCATGAGTGAGAGCTTGCATGTCGCATTGTCGCATGATGCATGAGAGCTTGCATGTCGCATGATGCATGAGAGCTCATTCGCATGATGCATGAGAATGT"
const SEQ = 4

type gene [SEQ]byte

func main() {
	patterns := make(map[string]int)
	for k := 0; k <= len(GENES)%SEQ; k++ {
		for i := k; i < len(GENES); i += SEQ {
			if i+len(GENES)%SEQ >= len(GENES) {
				break
			}
			var g gene
			for j := 0; j < SEQ; j++ {
				g[j] = GENES[i+j]
			}
			gName := string(g[:])
			if patterns[gName] == 0 {
				patterns[gName] = 1
			} else {
				patterns[gName]++
			}

		}
	}

	fmt.Println(patterns)
}