prototype.js

//от родителя Животное, которе имеет свойство имя и скорость, и метод который задает скорость.
// Унаследовать все свойства и методы Слону и расширить метод скорость добавив ему фору

function Animal(name) {
  this.name = name;
  this.speed = 0;
}

Animal.prototype.run = function (speed) {
  this.speed += speed;
};

Animal.prototype.stop = function () {
  this.speed = 0
};

function Elephan(name) {
  Animal.apply(this, arguments)
}



Elephan.prototype = Object.create(Animal);
Elephan.prototype.constructor = Elephan;

Elephan.prototype.run = function (speed) {
  Animal.prototype.run.apply(this, arguments);
  this.speed += 10
};

elephan = new Elephan('Murzik');
elephan.run(100);
elephan.run(100);
console.dir(elephan);

дело вот в чем:
у любого консткуктора есть свойство prototype и оно будет выводиться всегда, но также у любого объекта/массива/функции есть proto который равен Function.prototype/Object.prototype/Array.prototype.
это я тебе показал в скриншоте. У меня в prototype записан something, но если посмотреть на proto то там есть apply, bind и другие методы.

и у тебя очень грубая ошибка:
Elephan.prototype = Object.create(Animal);
а нужно так:
Elephan.prototype = Object.create(Animal.prototype);
лучше перечитай еще раз главу.