deis_mayo2020.Rmd

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title: "Muertes por comuna, mes y año en Chile 2000-2020"
output: html_notebook
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```{r}
library(tidyverse)
```

# Cargar datos

Fuente: https://github.com/jorgeperezrojas/covid19-data/tree/master/csv/muertes_deis 

```{r}
df_all <- read_csv('muertes_deis_rm.csv')
```



# Gráficos de comunas seleccionadas

```{r, fig.height=3, fig.width=4}
df2 <- df_all %>%
  gather('mes', 'valor', enero:diciembre) %>%
  mutate(`año` = factor(`año`))
  
meses <- c('enero', 
           'febrero', 
           'marzo', 
           'abril', 
           'mayo', 
           'junio', 
           'julio', 
           'agosto', 
           'septiembre', 
           'octubre', 
           'noviembre', 
           'diciembre')

df2$mes <- as.numeric(plyr::mapvalues(df2$mes, meses, seq(1:12)))


for(com in c("Recoleta", "Independencia", "Santiago", "La Pintana")) {
  p <- ggplot(filter(df2, comuna == com), aes(x=mes, y=valor, color=`año`, group=`año`)) + 
    geom_line() + 
    scale_x_continuous(breaks = 1:12) +
    scale_y_continuous(limits=c(0, 250)) +
    theme(legend.position = "none") +
    labs(x="mes", y="fallecidos", title=com, 
         subtitle="Fuente: DEIS Minsal (2000-2020)")
  print(p)
}
``` 


# Todas las comunas

```{r, fig.height=12, fig.width=16}
ggplot(df2, aes(x=mes, y=valor, color=`año`, group=`año`)) + 
  geom_line() + 
  facet_wrap(~ comuna) + 
  scale_x_continuous(breaks = 1:12) +
  theme(legend.position = "none") +
  labs(x="mes", y="fallecidos", title="Conteo de muertes totales por comuna (todas las causas) (2000-2020)", 
       subtitle="Fuente: DEIS Minsal (2018-2019 en proceso de validación, 2020 en proceso de recolección)")
```