Unityでマウスカーソルの位置のテクスチャのピクセル情報を取得するサンプル。ピクセル情報を取得したいオブジェクトはMesh Colliderが使われていなければ動作しません。Box Colliderなどを使っている場合には変更して下さい。また、使用しているテクスチャの画像にアクセスするのでInspectorでRead/Write Enabledにチェックを付けておいてして下さい。

HitTest.cs

using UnityEngine;
using System.Collections;

public class HitTest : MonoBehaviour {

	// Use this for initialization
	void Start () {
	
	}
	
	// Update is called once per frame
	void Update () {
		RaycastHit hit;
		if (!Physics.Raycast(Camera.main.ScreenPointToRay(Input.mousePosition), out hit))
			return;
			
		Renderer renderer = hit.collider.renderer;
		Texture2D tex = renderer.material.mainTexture as Texture2D;
		Vector2 pixelUV = hit.textureCoord;
		pixelUV.x *= tex.width;
		pixelUV.y *= tex.height;
				
		int x = (int)Mathf.Floor(pixelUV.x);
		int y = (int)Mathf.Floor(pixelUV.y);
		Debug.Log( "Texture Name : " + hit.transform.gameObject.name + ", u=" + pixelUV.x + ", v=" + pixelUV.y + ", w=" + tex.width + ", h=" + tex.height + ", " + tex.GetPixel(x, y));
	}
}