parent.js

var structure = {
    "root":{
        "name":"Main Level",
        "god": "is a girl",
        nodes:{
            "node1":{
                "name":"Node 1"  
            },
            "node2":{
                "name":"Node 2"  
            },
            "node3":{
                "name":"Node 3"  
            }
        }
    }
}

var setParent = function(o){
     if(o.nodes != undefined){
          for(n in o.nodes){
              o.nodes[n].parent = o;
              setParent(o.nodes[n]);
          }
     }
}

setParent(structure);

var node2 = structure.root.nodes["node2"];
console.log(node2.parent.name);

var node3 = structure.root.nodes.node3;
console.log(node3.parent.god);