Map単体のcloneだと項目の参照経由でmutableですよ

cloneMap.groovy

def map = [a: [1], b: [2], c: [3]]
println map.dump()

// clone()の場合、コストも気になるが実際影響が出るんだった!!!!!
def newMap = map.clone()
println newMap.dump()

// 追加した項目は独立であるが...
newMap.x = "XXXX"
assert newMap.x == "XXXX"
assert !map.containsKey('x')

// 既存項目では既存インスタンスが参照できるので状態を変更できてしまう
newMap.c << 999
assert newMap.c == [3, 999]
assert map.c == [3, 999] // !!!!!!!

//
def newMap2 = map.collectEntries { String key, value -> [key, value.clone()] }
println newMap2.dump()
newMap2.x = "XXXX"
assert newMap2.x == "XXXX"
assert !map.containsKey('x')

// 値もcloneしたので副作用はなくなる。が、コストは高い。
newMap2.c << 888
assert newMap2.c == [3, 999, 888]
assert map.c == [3, 999] //