カレントディレクトリ以下のファイル、ディレクトリ(.gitを除く)のパーミッションをchmodall.shというファイルに記録しておく。git clone 後にsh chmodall.sh すれば、各ファイルのパーミッションをコピーできる。

readme.md

localhost$ mkchmodall.rb
localhost$ git add chmodall.sh
localhost$ git commit -m 'add chmodall.sh'
localhost$ git push origin master

remotehost$ git clone http://example.com/foo.bar.git
remotehost$ sh chmodall.sh

mkchmodall.rb

#!/usr/bin/ruby
# -*- coding: utf-8 -*-

class FileList
  def initialize(filelist)
    @filelist = filelist
    @disposedlist = nil
  end

  def disposeList()
    #skipがnilでない場合、空行まで読み飛ばす
    skip = nil
    #ディレクトリ名
    dir = '.'

    permission = Permission.new()

    @filelist.each_line{|tmpline|

      if /^$/ =~ tmpline
        #空行の場合はskipにnilをセット
        skip = nil

      elsif skip
        #skipがnilでない場合は読み飛ばす(何もしない)

      elsif /\/.git/ =~ tmpline
        # .git というディレクトリは除外(次の空行までskip)
        skip = 1

      elsif /^total/ =~ tmpline
        #要らない行

      elsif /^(.+):$/ =~ tmpline
        #ディレクトリ名
        dir = $1

      elsif /([-a-z]{10}).+?\d{1,2}:\d{1,2} +(.+)/ =~ tmpline
        if $2 != '.git' && $2!='.' && $2!='..'
          permission.setString($1)
          @disposedlist = @disposedlist.to_s << permission.toOctet().to_s << ' ' << dir << '/' << $2 << "\n"
        end

      end
    }
    return self
  end

  def makeChmodAll(filename)
    fp = open(filename,'w')
    if fp != nil
      @disposedlist.each_line{|tmpline|
        fp.puts 'chmod ' << tmpline
      }
      return 0
    else
      return nil
    end
  end

end


class Permission

  def initialize()
    @permission_string = nil
    @permission_octet = nil
  end

  def setString(permission_string)
    if /[-dlrwx]{10}/ =~ permission_string
      @permission_string = permission_string
      @permission_octet = self.toOctet()
    else
      self.init()
    end

    return @permission_string
  end

  def toOctet()
    if /[-dlrwx]{10}/ =~ @permission_string
      u = 0;g = 0;o = 0;
      u += (@permission_string[1]!=45 ? 4 : 0)
      u += (@permission_string[2]!=45 ? 2 : 0)
      u += (@permission_string[3]!=45 ? 1 : 0)
      g += (@permission_string[4]!=45 ? 4 : 0)
      g += (@permission_string[5]!=45 ? 2 : 0)
      g += (@permission_string[6]!=45 ? 1 : 0)
      o += (@permission_string[7]!=45 ? 4 : 0)
      o += (@permission_string[8]!=45 ? 2 : 0)
      o += (@permission_string[9]!=45 ? 1 : 0)
      @permission_octet = (u.to_s << g.to_s << o.to_s).to_i
    end
    return @permission_octet
  end

end

#main routine
FileList.new(`ls -Rla `).disposeList().makeChmodAll('chmodall.sh')