set global slow_query_log = 1; # スロークエリのみ抽出
set global slow_query_log_file = '/path/to/mysql-slow.log';
set global long_query_time = 0; # 全てのクエリが出力される
set global log_queries_not_using_indexes = 1 # インデックスを利用してないクエリ (ログの出力先は、スロークエリと同じ)
long_query_time
は、MySQL 5.1から1秒未満の値も設定できるようになったらしい