MacOSX 10.8 以下の環境で Chrome バージョン 31.0.1650.48 を使っています。 Chrome Extension のJavaScriptのコード内で以下のような現象を確認しています。
(A) chrome.notifications.create を使った場合 message で指定する文字は正常に画面領域に描画されます。
(B) webkitNotifications.createNotification を使った場合 message で指定する文字は (1-1) スライドインしてくる瞬間にはnotification領域に描画されている。 (1-2) スライドインが終わってnotificationsが画面領域に描画され終わったら空になって表示される。 という挙動を取ります。 また、notifiactionsが複数発生したときに、後発のnotificationはイニシャルで画面領域に出ない挙動かと思いますが、イニシャルで画面領域に出ないnotificationに関しては(A)の場合と同じように正常に描画されているように挙動します。
つきましては、 Chrome31のアップデートに伴い、Chrome Extensionのコードの中でwebkitNotificationsのサポートは限定的になったと理解してよいでしょうか。