I'm a damn nub.

index.js

$('.checkbox').click(function(e){
				
				if ($('.sprite-checked').length > 3) {
					$("#compare-slide").slideUp(400);
					return false;
				}
				
				if ($(this).hasClass('sprite-unchecked')) {
				
					if ($('.sprite-checked').length > 1) {
							$('.sprite-checked').get();
							var checkList= new Array;
							var i=$('.sprite-checked').length;
							while (i>0) {
								if ($(this).parents('.item').hasClass('segment') && $(this).parents('.item').hasClass('pillar')) {
									checkList.push("pillar");
								}
								if ($(this).parents('.item').hasClass('characteristic')) {
									checkList.push("characteristic");
								}
								if ($(this).parents('.item').hasClass('segment')) {
									checkList.push("segment");
								}
								i--;
							}
							
							if (checkList[0] != checkList[1]) {
								return false;
							}
							
							if (checkList[2] && checkList[0] != checkList[2]){
								return false;
							}
							else {
								$(this).removeClass('sprite-unchecked');
								$(this).addClass('sprite-checked');
							}

					} 
					
					if ($('.sprite-checked').length < 1) {
						$(this).removeClass('sprite-unchecked');
						$(this).addClass('sprite-checked');
					}
					
				} else {
					$(this).removeClass('sprite-checked');
					$(this).addClass('sprite-unchecked');
				}