bootstrap.php

<?php
//....
Kohana::modules(array(
//	'database'  => MODPATH.'database', //Database
//	'kodoc'      => MODPATH.'kodoc',      // Kohana documentation
//	'orm'        => MODPATH.'orm',        // Object Relationship Mapping (not complete)
	'auth'   => MODPATH.'auth',   // Database access
	'pagination' => MODPATH.'pagination', // Paging of results
	'image'      => MODPATH.'image',      // Image manipulation
	'doctrine'   => MODPATH.'doctrine',   // Doctrine ORM
);

database.php

<?php

return array(
	'doctrine' => array(
		'user'      => 'username',
		'password'  => 'supersecretpasword',
		'host'      => 'localhost',
		'database'  => 'fancy_site',
		'prefix'    => 'wtfpl',
	)
);

init.php

<?php
/* Doctrine integration */
require Kohana::find_file('classes', 'doctrine/Doctrine');
/* Реєструємо аутолоадер. Після розробки доктріну можна скомпілити в один файл
 * розміров 800кб правда. Не думаю шо там можна шось сильно оптимізувати.
 * Суть в тому, що треба виключити буде аутолоадер. якщо буде скомпілений файл.
 */
spl_autoload_register(array('Doctrine', 'autoload'));
// Читаємо конфіги для конекту з базою даних
$db = Kohana::config('database')->doctrine;
// Получаємо менеджер доктріни
$manager = Doctrine_Manager::getInstance();
//Створюємо конект
$manager->connection('mysql://'.$db['user'].':'.$db['password'].'@'.$db['host'].'/'.$db['database'], 'default_connection');
// @see http://www.doctrine-project.org/documentation/manual/1_1/en/configuration
$manager->setAttribute(Doctrine::ATTR_MODEL_LOADING, Doctrine::MODEL_LOADING_CONSERVATIVE);
$manager->setAttribute(Doctrine::ATTR_VALIDATE, Doctrine::VALIDATE_ALL);
$manager->setAttribute(
	Doctrine::ATTR_DEFAULT_IDENTIFIER_OPTIONS, 
	array('name' => '%s_id', 'type' => 'int', 'length' => 11)
);
$manager->setAttribute(Doctrine::ATTR_PORTABILITY, Doctrine::PORTABILITY_ALL);
$manager->setAttribute(Doctrine::ATTR_QUOTE_IDENTIFIER, true);
$manager->setAttribute(Doctrine::ATTR_EXPORT, Doctrine::EXPORT_ALL);
$manager->setAttribute(Doctrine::ATTR_TBLNAME_FORMAT, $db['prefix'].'_%s');
$manager->setAttribute(Doctrine::ATTR_AUTOLOAD_TABLE_CLASSES, true);
// Доктринові моделі будуть лежати не в classes/ а окремо в MODPATH
Doctrine::loadModels(APPPATH.'models');

moduleaddition.php

<?php
//.....
Doctrine::loadModels(MODPATH.'blog/models');