Coveralls でカバレッジ集計対象のファイルを制限する方法 https://coveralls.io/docs/ruby を参照

coveralls_filter_1.rb

SimpleCov.formatter = Coveralls::SimpleCov::Formatter
SimpleCov.start do
  # スペックファイルを除外
  add_filter "/spec/"
end

coveralls_filter_2.rb

SimpleCov.formatter = Coveralls::SimpleCov::Formatter
SimpleCov.start do
  add_filter do |source_file|
    # redmine プラグインの ruby ファイルだけ対象にする
    !source_file.filename.include?("plugins/redmine_hoge") || !source_file.filename.end_with?(".rb")
  end
end