Kohana multi-app and source-code bundles

folder_hierarchy.txt

.                                                          .
├── apps                                                   ├── apps
│   ├── foo                                                │   ├── foo
│   │   ├── cache                                          │   │   ├── cache
│   │   ├── config                                         │   │   ├── config
│   │   ├── logs                                           │   │   ├── logs
│   │   └── media                                          │   │   └── media
│   └── bar                                                │   └── bar
├── bin                                                    ├── bin
├── plugins                                                ├── kohana
├── public                                                 │   ├── modules
│   ├── 404.html                                           │   └── system
│   ├── bootstrap.php                                      ├── plugins
│   ├── index.php                                          ├── public
│   └── sites                                              │   ├── 404.html
├── src                                                    │   ├── bootstrap.php
│   ├── core                                               │   ├── index.php
│   │   ├── classes                                        │   └── sites
│   │   │   └── Acme                                       ├── src
│   │   │       └── CoreBundle                             │   ├── classes
│   │   │           ├── Context                            │   │   └── Acme
│   │   │           ├── Controller                         │   │       ├── CoreBundle
│   │   │           ├── Exception                          │   │       │   ├── Context
│   │   │           │   └── Base.php                       │   │       │   ├── Controller
│   │   │           ├── Model                              │   │       │   ├── Exception
│   │   │           ├── Repository                         │   │       │   │   └── Base.php
│   │   │           │   └── User.php                       │   │       │   ├── Model
│   │   │           └── spec                               │   │       │   ├── Repository
│   │   ├── config                                         │   │       │   │   └── User.php
│   │   ├── media                          V   V sSSS      │   │       │   └── spec
│   │   ├── messages                        V v   `\       │   │       ├── ResourceBundle
│   │   ├── migrations                       v . sSS' .    │   │       │   ├── Controller
│   │   └── routes                                         │   │       │   ├── Model
│   ├── user                                               │   │       │   │   ├── Exception
│   │   ├── classes                                        │   │       │   │   │   ├── Deleted.php
│   │   │   └── Acme                                       │   │       │   │   │   ├── InvalidCall.php
│   │   │       └── UserBundle                             │   │       │   │   │   └── NotFound.php
│   │   │           ├── Context                            │   │       │   │   └── Base.php
│   │   │           │   ├── Create.php                     │   │       │   ├── Repository
│   │   │           │   └── Update.php                     │   │       │   │   ├── Database
│   │   │           ├── Controller                         │   │       │   │   │   ├── MySQL.php
│   │   │           │   └── User.php                       │   │       │   │   │   └── PostgreSQL.php
│   │   │           ├── Model                              │   │       │   │   ├── File.php
│   │   │           │   └── User.php                       │   │       │   │   └── RepositoryAdapter.php
│   │   │           ├── Repository                         │   │       │   └── spec
│   │   │           │   └── UserAdapter.php                │   │       └── UserBundle
│   │   │           └── spec                               │   │           ├── Context
│   │   ├── config                                         │   │           │   ├── Create.php
│   │   ├── media                                          │   │           │   └── Update.php
│   │   ├── messages                                       │   │           ├── Controller
│   │   ├── migrations                                     │   │           │   └── User.php
│   │   └── routes                                         │   │           ├── Model
│   ├── resource                                           │   │           │   └── User.php
│   │   ├── classes                                        │   │           ├── Repository
│   │   │   └── Acme                                       │   │           │   └── UserAdapter.php
│   │   │       └── ResourceBundle                         │   │           └── spec
│   │   │           ├── Controller                         │   ├── config
│   │   │           ├── Model                              │   ├── media
│   │   │           │   ├── Exception                      │   ├── messages
│   │   │           │   │   ├── Deleted.php                │   ├── migrations
│   │   │           │   │   ├── InvalidCall.php            │   ├── routes
│   │   │           │   │   └── NotFound.php               │   ├── vendor
│   │   │           │   └── Base.php                       │   └── views
│   │   │           ├── Repository                         ├── themes
│   │   │           │   ├── Database                       │   ├── _default
│   │   │           │   │   ├── MySQL.php                  │   │    └── media
│   │   │           │   │   └── PostgreSQL.php             │   └── foobar
│   │   │           │   ├── File.php                       ├── vendor
│   │   │           │   └── RepositoryAdapter.php          ├── compass.rb
│   │   │           └── spec                               ├── composer.json
│   │   ├── config                                         ├── package.json
│   │   ├── migrations                                     ├── phpspec.yml
│   │   └── routes                                         └── README.md
│   ├── kohana
│   │   ├── bridge
│   │   │   ├── classes
│   │   │   ├── config
│   │   │   └── views
│   │   ├── modules
│   │   └── system
├── themes
│   ├── _default
│   │   └── media
│   └── foobar
│       └── media
├── vendor
├── compass.rb
├── composer.json
├── package.json
├── phpspec.yml
└── README.md

Currently we're using the left scenario. BUT if we could put config/media/messages/migrations/etc in meta/, and eliminate the classes/ folder, we could reach a 3rd scenario not depicted here which is the most desired. Similar to the right scenario, but each bundle has a meta/ folder with all mentioned above folders and have a single streamlined class hierarchy like Java/Symfony/etc.