example of why pairwise.complete.obs is useful

input.r

# use case is -omics data where some samples have missing data, can
# be coded as NA or 0, but can always set 0 to NA for my use cases
# want the pairwise correlations, where each pairwise comparison
# removes NA in either of the pairs being compared
set.seed(1234)
data_matrix <- matrix(rnorm(200, 0, 1), nrow = 20)

na_locs <- sample(200, 10)

data_matrix[na_locs] <- NA

str(data_matrix)

sum(is.na(data_matrix))

cor(data_matrix)

comp_cor <- cor(data_matrix, use = "complete.obs")

comp_cor[1,2]

pc_cor <- cor(data_matrix, use = "pairwise.complete.obs")
pc_cor[1,2]

cor(data_matrix[,1], data_matrix[,2])

output.r

> # use case is -omics data where some samples have missing data, can
> # be coded as NA or 0, but can always set 0 to NA for my use cases
> set.seed( .... [TRUNCATED] 

> data_matrix <- matrix(rnorm(200, 0, 1), nrow = 20)

> na_locs <- sample(200, 10)

> data_matrix[na_locs] <- NA

> str(data_matrix)
 num [1:20, 1:10] -1.207 0.277 1.084 -2.346 0.429 ...

> sum(is.na(data_matrix))
[1] 10

> cor(data_matrix)
      [,1] [,2]        [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]        [,9]       [,10]
 [1,]    1   NA          NA   NA   NA   NA   NA   NA          NA          NA
 [2,]   NA    1          NA   NA   NA   NA   NA   NA          NA          NA
 [3,]   NA   NA  1.00000000   NA   NA   NA   NA   NA -0.33585598 -0.05725705
 [4,]   NA   NA          NA    1   NA   NA   NA   NA          NA          NA
 [5,]   NA   NA          NA   NA    1   NA   NA   NA          NA          NA
 [6,]   NA   NA          NA   NA   NA    1   NA   NA          NA          NA
 [7,]   NA   NA          NA   NA   NA   NA    1   NA          NA          NA
 [8,]   NA   NA          NA   NA   NA   NA   NA    1          NA          NA
 [9,]   NA   NA -0.33585598   NA   NA   NA   NA   NA  1.00000000  0.08487323
[10,]   NA   NA -0.05725705   NA   NA   NA   NA   NA  0.08487323  1.00000000

> comp_cor <- cor(data_matrix, use = "complete.obs")

> comp_cor[1,2]
[1] -0.6769361

> pc_cor <- cor(data_matrix, use = "pairwise.complete.obs")

> pc_cor[1,2]
[1] -0.415614