即時関数のスコープでハマったこと ref: http://qiita.com/items/f66d0e57f1d5f8ed847f

file0.txt

;(function(global, $, undefined) {
  'use strict';
  // globalはwindowだということを期待している
  global.App = global.App || {};
  var App = global.App;
// […]
}(this, jQuery));

index.html

<script>
// […]
    ;(function(global, $, undefined) {
      'use strict';

      var App = global.App, 
          document = global.document;

      $(document).on('open.menu close.menu', function(e) {
        if (e.type == 'open') {
          // Menu 表示時
          $('#mainContent').hide();
          $('#menu').fadeIn();
        } else {
          $('#menu').fadeOut(function() {
            $(global).scrollTop(0);
            $('#mainContent').show();
          });
        }
      });
    }(window, jQuery));
// […]
</script>