gistfile1.txt

$ cat preferences.js 
pref("app.update.url", "http://url.com/update.xml");
pref("app.update.url.manual", "http://url.com/manual");
$ perl -i~ -pe 's{pref("app.update.url", "http://url.com/update.xml");}{pref("app.update.url", "http://custom.edu/update.xml");}g' preferences.js 
$ cat preferences.js*
pref("app.update.url", "http://url.com/update.xml");
pref("app.update.url.manual", "http://url.com/manual");
pref("app.update.url", "http://url.com/update.xml");
pref("app.update.url.manual", "http://url.com/manual");