Skip to content

Instantly share code, notes, and snippets.

@rwblair

rwblair/gist:6e0871b454ad0e73a1e4b11ee3e59208

Last active April 20, 2023 19:24
Show Gist options
  • Save rwblair/6e0871b454ad0e73a1e4b11ee3e59208 to your computer and use it in GitHub Desktop.
Save rwblair/6e0871b454ad0e73a1e4b11ee3e59208 to your computer and use it in GitHub Desktop.
Download ZIP
deno_bids_examples_errors
Raw
gistfile1.txt
issue key filename schema path
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ eeg_rest_fmri │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
DWI_MISSING_BVEC sub-36_acq-NODDI10DIR_dwi.nii.gz schema.rules.checks.dwi.DWIMissingBvec
DWI_MISSING_BVAL sub-36_acq-NODDI10DIR_dwi.nii.gz schema.rules.checks.dwi.DWIMissingBval
BVEC_NUMBER_ROWS sub-36_acq-NODDI10DIR_dwi.bvec schema.rules.checks.dwi.DWIBvecRows
BVAL_MULTIPLE_ROWS sub-36_acq-NODDI10DIR_dwi.bval schema.rules.checks.dwi.DWIBvalRows
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ hcp_example_bids │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
JSON_KEY_REQUIRED sub-100307_acq-forT1w_magnitude2.nii.gz missing EchoTime as per
schema.rules.sidecars.fmap.MRIFieldmapTw
oPhase
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ qmri_mp2rage │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
JSON_KEY_REQUIRED sub-1_inv-1_part-phase_MP2RAGE.nii missing Units as per
schema.rules.sidecars.entity_rules.Entit
iesPartMetadata
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ ieeg_visual_multimodal │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
STIMULUS_FILE_MISSING sub-som682_ses-nyu3t01_task-spatialpatte schema.rules.checks.events.StimulusFileM
rn_run-01_events.tsv issing
TSV_VALUE_INCORRECT_TYPE sub-som682_ses-somecog01_electrodes.tsv 'n/a' {
name: "hemisphere",
display_name: "Electrode hemisphere",
description: "The hemisphere in which
the electrode is placed.\n",
type: "string",
enum: [ "L", "R" ]
}
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ qmri_mpm │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
JSON_KEY_REQUIRED sub-01_magnitude2.nii missing EchoTime2 as per
schema.rules.sidecars.fmap.MRIFieldmapPh
aseDifferenceMagnitude2
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ ds000117 │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
JSON_KEY_REQUIRED sub-02_ses-mri_magnitude1.nii missing EchoTime as per
schema.rules.sidecars.fmap.MRIFieldmapTw
oPhase
STIMULUS_FILE_MISSING sub-02_ses-mri_task-facerecognition_run- schema.rules.checks.events.StimulusFileM
07_events.tsv issing
BVAL_MULTIPLE_ROWS sub-02_ses-mri_dwi.bval schema.rules.checks.dwi.DWIBvalRows
DWI_MISSING_BVEC sub-02_ses-mri_dwi.bval schema.rules.checks.dwi.DWIMissingBvec
DWI_MISSING_BVAL sub-02_ses-mri_dwi.bval schema.rules.checks.dwi.DWIMissingBval
BVEC_NUMBER_ROWS sub-02_ses-mri_dwi.bvec schema.rules.checks.dwi.DWIBvecRows
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ eeg_ds003645s_hed │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
STIMULUS_FILE_MISSING sub-002_task-FacePerception_run-3_events schema.rules.checks.events.StimulusFileM
.tsv issing
TSV_VALUE_INCORRECT_TYPE sub-002_task-FacePerception_run-2_channe 'n/a' {
ls.tsv name: "type",
display_name: "Channel type",
description: "Type of channel; MUST
use the channel types listed
below.\nNote that the type MUST be in
upper-case.\n",
type: "string",
enum: [
"AUDIO", "EEG",
"EOG", "ECG",
"EMG", "EYEGAZE",
"GSR", "HEOG",
"MISC", "PPG",
"PUPIL", "REF",
"RESP", "SYSCLOCK",
"TEMP", "TRIG",
"VEOG"
]
}
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ eeg_ds003645s_hed_library │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
STIMULUS_FILE_MISSING sub-002_task-FacePerception_run-3_events schema.rules.checks.events.StimulusFileM
.tsv issing
TSV_VALUE_INCORRECT_TYPE sub-002_task-FacePerception_run-2_channe 'n/a' {
ls.tsv name: "type",
display_name: "Channel type",
description: "Type of channel; MUST
use the channel types listed
below.\nNote that the type MUST be in
upper-case.\n",
type: "string",
enum: [
"AUDIO", "EEG",
"EOG", "ECG",
"EMG", "EYEGAZE",
"GSR", "HEOG",
"MISC", "PPG",
"PUPIL", "REF",
"RESP", "SYSCLOCK",
"TEMP", "TRIG",
"VEOG"
]
}
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ ds114 │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
BVEC_NUMBER_ROWS dwi.bvec schema.rules.checks.dwi.DWIBvecRows
DWI_MISSING_BVEC dwi.bvec schema.rules.checks.dwi.DWIMissingBvec
DWI_MISSING_BVAL dwi.bvec schema.rules.checks.dwi.DWIMissingBval
BVAL_MULTIPLE_ROWS dwi.bval schema.rules.checks.dwi.DWIBvalRows
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ micr_SEMzarr │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
NOT_INCLUDED .zattrs
JSON_KEY_REQUIRED .zattrs missing PixelSizeUnits as per
schema.rules.sidecars.micr.MicroscopyIma
geAcquisition
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ ds000248 │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
JSON_KEY_REQUIRED sub-01_acq-calibration_meg.dat missing DigitizedHeadPoints as per
schema.rules.sidecars.meg.MEGRequired
MISSING_REQUIRED_ENTITY sub-01_acq-crosstalk_meg.fif task missing from rule
rules.files.deriv.preprocessed_data.meg_
meg_common
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ eeg_face13 │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
TSV_VALUE_INCORRECT_TYPE sub-002_task-faceFO_channels.tsv 'n/a' {
name: "type",
display_name: "Channel type",
description: "Type of channel; MUST
use the channel types listed
below.\nNote that the type MUST be in
upper-case.\n",
type: "string",
enum: [
"AUDIO", "EEG",
"EOG", "ECG",
"EMG", "EYEGAZE",
"GSR", "HEOG",
"MISC", "PPG",
"PUPIL", "REF",
"RESP", "SYSCLOCK",
"TEMP", "TRIG",
"VEOG"
]
}
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ ds116 │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
TSV_VALUE_INCORRECT_TYPE sub-02_task-auditoryoddballwithbuttonres 'standard' {
ponsetotargetstimuli_run-01_events.tsv name: "response_time",
display_name: "Response time",
description: "Response time measured
in seconds.\nA negative response time
can be used to represent preemptive
resp...",
anyOf: [ { type: "number", unit: "s"
}, { type: "string", enum: [ "n/a" ] } ]
}
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ asl002 │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
ASLCONTEXT_TSV_NOT_CONSISTENT sub-Sub103_asl.nii.gz schema.rules.checks.asl.ASLContextConsis
tent
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ asl001 │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
ASLCONTEXT_TSV_NOT_CONSISTENT sub-Sub103_asl.nii.gz schema.rules.checks.asl.ASLContextConsis
tent
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ ds051 │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
TSV_COLUMN_ORDER_INCORRECT sub-02_task-abstractconcretejudgment_run Column with header duration found at
-07_events.tsv index 5 while rule specifies, indexed
from 0, it should be in column 1.
schema.rules.tabular_data.task.TaskEvent
s
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ qmri_qsm │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
JSON_KEY_REQUIRED sub-01_part-phase_T1w.nii missing Units as per
schema.rules.sidecars.entity_rules.Entit
iesPartMetadata
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ asl003 │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
ASLCONTEXT_TSV_NOT_CONSISTENT sub-Sub1_asl.json schema.rules.checks.asl.ASLContextConsis
tent
POST_LABELING_DELAY_NOT_MATCHING_NIFTI sub-Sub1_asl.json schema.rules.checks.asl.ASLPostLabelingD
elayNiftiLength
POST_LABELING_DELAY_NOT_MATCHING_AS sub-Sub1_asl.json schema.rules.checks.asl.ASLPostLabelingD
LCONTEXT_TSV elayASLContextLength
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ eeg_ds003645s_hed_longform │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
STIMULUS_FILE_MISSING sub-002_task-FacePerception_run-3_events schema.rules.checks.events.StimulusFileM
.tsv issing
TSV_VALUE_INCORRECT_TYPE sub-002_task-FacePerception_run-2_channe 'n/a' {
ls.tsv name: "type",
display_name: "Channel type",
description: "Type of channel; MUST
use the channel types listed
below.\nNote that the type MUST be in
upper-case.\n",
type: "string",
enum: [
"AUDIO", "EEG",
"EOG", "ECG",
"EMG", "EYEGAZE",
"GSR", "HEOG",
"MISC", "PPG",
"PUPIL", "REF",
"RESP", "SYSCLOCK",
"TEMP", "TRIG",
"VEOG"
]
}
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ ds000001-fmriprep │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
TSV_COLUMN_MISSING desc-aseg_dseg.tsv Columns cited as index columns not in
file: index.
schema.rules.tabular_data.derivatives.co
mmon_derivatives.SegmentationLookup
NOT_INCLUDED .SKIP_VALIDATION
JSON_KEY_REQUIRED sub-10_dseg.nii.gz missing SkullStripped as per
schema.rules.sidecars.derivatives.common
_derivatives.ImageDerivatives
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ eeg_ds003645s_hed_inheritance │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
STIMULUS_FILE_MISSING sub-002_task-FacePerception_run-3_events schema.rules.checks.events.StimulusFileM
.tsv issing
TSV_VALUE_INCORRECT_TYPE sub-003_task-FacePerception_channels.tsv 'n/a' {
name: "type",
display_name: "Channel type",
description: "Type of channel; MUST
use the channel types listed
below.\nNote that the type MUST be in
upper-case.\n",
type: "string",
enum: [
"AUDIO", "EEG",
"EOG", "ECG",
"EMG", "EYEGAZE",
"GSR", "HEOG",
"MISC", "PPG",
"PUPIL", "REF",
"RESP", "SYSCLOCK",
"TEMP", "TRIG",
"VEOG"
]
}
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ ieeg_visual │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
STIMULUS_FILE_MISSING sub-02_ses-01_task-visual_run-01_events. schema.rules.checks.events.StimulusFileM
tsv issing
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ ieeg_filtered_speech │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
STIMULUS_FILE_MISSING sub-ir05_task-FilteredSpeech_events.tsv schema.rules.checks.events.StimulusFileM
issing
TSV_VALUE_INCORRECT_TYPE sub-ir05_task-FilteredSpeech_channels.ts '[60, 120, 180]' {
v name: "notch",
display_name: "Notch frequencies",
description: "Frequencies used for the
notch filter applied to the channel, in
Hz.\nIf no notch filter applied,
use...",
anyOf: [ { type: "number", unit: "Hz"
}, { type: "string", enum: [ "n/a" ] } ]
}
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ 7t_trt │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
JSON_KEY_REQUIRED sub-18_ses-2_run-2_magnitude1.nii.gz missing EchoTime as per
schema.rules.sidecars.fmap.MRIFieldmapTw
oPhase
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ asl005 │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
ASLCONTEXT_TSV_NOT_CONSISTENT sub-Sub103_asl.nii.gz schema.rules.checks.asl.ASLContextConsis
tent
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ fnirs_tapping │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
CHECK_ERROR sub-02_optodes.tsv schema.rules.checks.nirs.RequiredCoordsy
stem
TSV_ADDITIONAL_COLUMNS_NOT_ALLOWED sub-02_task-tapping_channels.tsv Disallowed columns found
low_cutoff,high_cutoff
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ ds107 │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
TSV_COLUMN_ORDER_INCORRECT sub-18_task-onebacktask_run-02_events.ts Column with header duration found at
v index 5 while rule specifies, indexed
from 0, it should be in column 1.
schema.rules.tabular_data.task.TaskEvent
s
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ motion_spotrotation │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
TSV_INDEX_VALUE_NOT_UNIQUE sub-02_ses-joy_scans.tsv Row: 5, Value:
motion/sub-02_ses-joy_task-Rotation_trac
ksys-VIRPos_motion.tsv
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ eeg_ds000117 │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
STIMULUS_FILE_MISSING sub-02_task-facerecognition_run-6_events schema.rules.checks.events.StimulusFileM
.tsv issing
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ pet004 │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
TSV_COLUMN_MISSING sub-01_recording-autosampler_blood.tsv Column with header plasma_radioactivity
listed as required.
schema.rules.tabular_data.pet.BloodPlasm
a
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ asl004 │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
ASLCONTEXT_TSV_NOT_CONSISTENT sub-Sub1_asl.json schema.rules.checks.asl.ASLContextConsis
tent
POST_LABELING_DELAY_NOT_MATCHING_NIFTI sub-Sub1_asl.json schema.rules.checks.asl.ASLPostLabelingD
elayNiftiLength
POST_LABELING_DELAY_NOT_MATCHING_AS sub-Sub1_asl.json schema.rules.checks.asl.ASLPostLabelingD
LCONTEXT_TSV elayASLContextLength
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ genetics_ukbb │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
BVEC_NUMBER_ROWS dwi.bvec schema.rules.checks.dwi.DWIBvecRows
DWI_MISSING_BVEC dwi.bvec schema.rules.checks.dwi.DWIMissingBvec
DWI_MISSING_BVAL dwi.bvec schema.rules.checks.dwi.DWIMissingBval
SLICETIMING_VALUES_GREATER_THAN_REP task-FaceShapeEmotion_bold.json schema.rules.checks.func.SliceTimingGrea
ETITION_TIME terThanRepetitionTime
BVAL_MULTIPLE_ROWS dwi.bval schema.rules.checks.dwi.DWIBvalRows
NOT_INCLUDED .bids-validator-config.json
JSON_KEY_REQUIRED sub-02_magnitude1.nii.gz missing EchoTime as per
schema.rules.sidecars.fmap.MRIFieldmapTw
oPhase
ECHOTIME1_2_DIFFERENCE_UNREASONABLE sub-02_phasediff.nii.gz schema.rules.checks.fmap.EchoTime12Diffe
renceUnreasonable
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ pet001 │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
TSV_COLUMN_MISSING sub-01_ses-01_recording-autosampler_bloo Column with header plasma_radioactivity
d.tsv listed as required.
schema.rules.tabular_data.pet.BloodPlasm
a
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ qmri_mp2rageme │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
JSON_KEY_REQUIRED sub-1_echo-4_inv-2_part-phase_MP2RAGE.ni missing Units as per
i schema.rules.sidecars.entity_rules.Entit
iesPartMetadata
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ ds000246 │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
NOT_INCLUDED BadChannels
ALL_FILENAME_RULES_HAVE_ISSUES sub-emptyroom_task-noise_run-01_meg.hc Rules that matched with issues:
rules.files.deriv.preprocessed_data.meg_
meg_common,
rules.files.deriv.preprocessed_data.meg_
calibration_common,
rules.files.deriv.preprocessed_data.meg_
crosstalk_common,
rules.files.raw.meg.meg,
rules.files.raw.meg.calibration,
rules.files.raw.meg.crosstalk
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ fnirs_automaticity │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
CHECK_ERROR sub-53_task-fingernonauto_nirs.snirf schema.rules.checks.nirs.ShortChannelCou
ntReq
NOT_INCLUDED practicelogbook.tsv
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ ds000247 │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
ALL_FILENAME_RULES_HAVE_ISSUES sub-0004_ses-0001_task-rest_run-01_meg.a Rules that matched with issues:
cq rules.files.deriv.preprocessed_data.meg_
meg_common,
rules.files.deriv.preprocessed_data.meg_
calibration_common,
rules.files.deriv.preprocessed_data.meg_
crosstalk_common,
rules.files.raw.meg.meg,
rules.files.raw.meg.calibration,
rules.files.raw.meg.crosstalk
NOT_INCLUDED BadChannels
┌───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┐
│ eeg_matchingpennies │
└───────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────┘
STIMULUS_FILE_MISSING sub-06_task-matchingpennies_events.tsv schema.rules.checks.events.StimulusFileM
issing
Sign up for free to join this conversation on GitHub. Already have an account? Sign in to comment