code.js

var mensagem, mensagemCodificada = '', cifra;

mensagem = prompt('Digite sua mensagem');
cifra = parseInt(prompt('Digite o valor da cifra'));

for (var i = 0, length = mensagem.length; i < length; i++) {
  mensagemCodificada += String.fromCharCode(mensagem.charCodeAt(i) + cifra);
}

alert(mensagemCodificada);

// decode

var mensagem = '', mensagemCodificada, cifra;

mensagemCodificada = prompt('Digite sua mensagem');
cifra = parseInt(prompt('Digite o valor da cifra'));

for (var i = 0, length = mensagemCodificada.length; i < length; i++) {
  mensagem += String.fromCharCode(mensagemCodificada.charCodeAt(i) - cifra);
}

alert(mensagem);

Refatorado:

// encode

const mensagem = prompt('Digite sua mensagem');
const cifra = parseInt(prompt('Digite o valor da cifra'));

const codifique = ( mensagem, cifra ) => ( el, i ) => 
  String.fromCharCode(mensagem.charCodeAt(i) + cifra)

const mensagemCodificada = mensagem.split('')
                                    .map( codifique( mensagem, cifra ) )

alert(mensagemCodificada);

// decode

const mensagem = prompt('Digite sua mensagem');
const cifra = parseInt(prompt('Digite o valor da cifra'));

const decodifique = ( mensagem, cifra ) => ( el, i ) => 
  String.fromCharCode(mensagem.charCodeAt(i) - cifra)

const mensagemDecodificada = mensagem.split('')
                                    .map( decodifique( mensagem, cifra ) )

alert(mensagemDecodificada);

Vc tem certeza q eh + e - cifra???