Fiz umas melhorias como informar a pasta de origem e de destino dos arquivos. A pasta que será feita a limpeza. Bem como informar o caminho para o YUI sem usar a busca que já existia.

compressor.sh

#!/bin/bash

FOLDER_IN=""
FOLDER_OUT=""

FOLDER_JS_IN="./js"
FOLDER_JS_OUT="./js"

FOLDER_CSS_IN="./css"
FOLDER_CSS_OUT="./css"

limpa() {
    echo -e "\nDeleting existing minified files..."

    find $FOLDER_IN -name \*.min.js -exec rm {} \;
    find $FOLDER_IN -name \*.min.css -exec rm {} \;
}

comprime_js() {
    echo -e "\nComprimindo e minificando o JavaScript..."
    jslist=`find $FOLDER_IN -type f -name \*.js`

    for jsfile in $jslist
    do
        echo "Processando: ${jsfile}"

        FILENAME="$(basename $jsfile .js)"
        FILEPATH_OUT="$FOLDER_OUT/${FILENAME}.min.js"

        java -jar ${YUICOMPRESSOR} -o $FILEPATH_OUT ${jsfile}
    done
}

comprime_css() {
    echo -e "\nComprimindo e minificando o CSS..."
    csslist=`find $FOLDER_IN -type f -name \*.css`

    for cssfile in $csslist
    do
        echo "Processando: ${cssfile}"

        FILENAME="$(basename $cssfile .css)"
        FILEPATH_OUT="$FOLDER_OUT/${FILENAME}.min.css"

        java -jar ${YUICOMPRESSOR} -o $FILEPATH_OUT ${cssfile}
    done
}

usage() {
    echo -e "\compressor.sh [-cjdhi:o:y:]"
    echo "Opções"
    echo "  c : Comprime e minifica arquivos CSS"
    echo "  j : Comprime e minifica arquivos Javascript"
    echo "  d : Deleta arquivos comprimidos e minificados"
    echo "  h: Peça ajuda!"
    echo "  "
    echo "Pastas"
    echo "  -i=pasta : pasta de origem dos arquivos, onde estão os originais. Caso não seja informada, assumira o valor padrão."
    echo "  -o=pasta : pasta de destino dos arquivos, onde estarão os arquivos finais. Caso não seja informada, assumira o valor padrão."
    echo "  => Pasta padrão de origem e destino do Javascript: ./js"
    echo "  => Pasta padrão de origem e destino do CSS: ./css"
    echo "  "
    echo "Limpar"
    echo "  Para limpar, informe somente a pasta de no parametro -i:"
    echo "  "
    echo "Exemplos"
    echo "  compressor.sh -d -i=./js-min"
    echo "  compressor.sh -j -i=./js -o=./js-min"
    echo "  compressor.sh -j -i=./js"
    echo "  compressor.sh -j -o=./js"
    echo "  compressor.sh -c -i=./css -o=./css-min"
    echo "  compressor.sh -c -i=./css"
    echo "  compressor.sh -c -o=./css-min"
    echo "  "
    echo "-----------"
    echo "Script originalmente feito João Vagner (https://gist.github.com/JoaoVagner/5215647) e modificado por Silas Ribas"
}

CSS=false
JS=false
DELETE=false
HELP=false

while getopts "cjdhi:o:y:" input
do
    case $input in
        c ) CSS=true;;
        j ) JS=true;;
        d ) DELETE=true;;
        i ) if ! [ -z ${OPTARG:1} ]
            then
                FOLDER_IN="${OPTARG:1}"
            else
                if $JS
                then
                    FOLDER_IN=$FOLDER_JS_IN
                else
                    FOLDER_IN=$FOLDER_CSS_IN
                fi
            fi;;
        o ) if ! [ -z ${OPTARG:1} ]
            then
                FOLDER_OUT="${OPTARG:1}"
            else
                if $JS
                then
                    FOLDER_OUT=$FOLDER_JS_OUT
                else
                    FOLDER_OUT=$FOLDER_CSS_OUT
                fi
            fi;;
        y ) if ! [ -z ${OPTARG:1} ]
            then
                YUICOMPRESSOR="${OPTARG:1}"
            else
                if ! [ `find ~/Sites/yui -type f -name *.jar` ]
                then
                    echo "Yui Compressor não encontrado!"
                    exit 1
                else
                    YUICOMPRESSOR=`find ~/Sites/yui -type f -name *.jar`
                fi
            fi;;
        h ) HELP=true;;
        * ) HELP=true;;
    esac
done

if ! $JS && ! $CSS && ! $DELETE
then
    usage
    exit 0
fi

if $HELP
then
    usage
    exit 0
fi

if ! [ $YUICOMPRESSOR ]
then
    if ! [ `find ~/Sites/yui -type f -name *.jar` ]
    then
        echo "Yui Compressor não encontrado!"
        exit 1
    else
        YUICOMPRESSOR=`find ~/Sites/yui -type f -name *.jar`
    fi
else
    echo "Utilizando o YUI de $YUICOMPRESSOR"

    if ! [ `find $YUICOMPRESSOR -type f 2> /dev/null` ]
    then
        echo "Yui Compressor não encontrado! Use sempre caminho absoluto."
        exit 1
    fi
fi

if [ -z $FOLDER_IN ]
then
    if $JS
    then
        FOLDER_IN=$FOLDER_JS_IN
    else
        FOLDER_IN=$FOLDER_CSS_IN
    fi
fi

if [ -z $FOLDER_OUT ]
then
    if $DELETE
    then
        FOLDER_OUT=$FOLDER_IN
    elif $JS
    then
        FOLDER_OUT=$FOLDER_JS_OUT
    else
        FOLDER_OUT=$FOLDER_CSS_OUT
    fi
fi

if ! [ `find $FOLDER_IN -type d 2> /dev/null` ]
then
    echo "ERRO: Pasta de origem dos arquivos não existe"
    exit 1
fi

if ! [ `find $FOLDER_OUT -type d 2> /dev/null` ]
then
    echo "ERRO: Pasta de destino dos arquivos não existe"
    exit 1
fi

if $DELETE
then
    limpa
fi

if $JS
then
    comprime_js
fi

if $CSS
then
    comprime_css
fi

echo -e "\nDone."
exit 0