ためしてないけど、こんなかんじでできるのでは。
/etc/sysconfig/td-agent
export BUNDLE_BIN_PATH=/opt/td-agent/embedded/bin/bundle
export BUNDLE_GEMFILE=/etc/td-agent/Gemfile
export RUBYOPT=-rbundler/setup/etc/td-agent/Gemfile
source 'https://rubygems.org'
gem 'fluent-plugin-awesome' # git 指定もイケるはずあらかじめ bundle install しておく
cd /etc/td-agent/
/opt/td-agent/embedded/bin/bundle install