remove_space_from_ruby.rb

#!/usr/bin/env ruby
#coding:utf-8
class String
  def remove_space_from_ruby
    str = self.dup
    self.scan(/<rt>.*?<\/rt>/).each{|x|
      str.sub!(/#{x}/ , x.gsub(/　| /, ''))
    }
    str
  end
end

ARGV.each{|x| open("#{x}.removed.txt", 'w'){|f| f.puts open(x).read.remove_space_from_ruby} }

使い方.md

$ ruby remove_space_from_ruby.rb hoge.txt

などとすると hoge.txt.removed.txt が生成される。