Magento directory structure created using mage-hackathon/magento-composer-installer. All files in ./magento are hardlinks to various packages in ./vendor (hence display of inodes), and thus the webroot is entirely reproducable with a simple composer update.

Magento deployment structure

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├── [2907877]  composer.json
├── [2937290]  composer.lock
├── [2316418]  magento
│   ├── [2890782]  LICENSE.html
│   ├── [2890783]  LICENSE.txt
│   ├── [2890784]  LICENSE_AFL.txt
│   ├── [2890785]  RELEASE_NOTES.txt
│   ├── [2890786]  api.php
│   ├── [2880927]  app
│   ├── [2896972]  cron.php
│   ├── [2896973]  cron.sh
│   ├── [2929847]  downloader
│   ├── [2907270]  errors
│   ├── [2896999]  favicon.ico
│   ├── [2897000]  get.php
│   ├── [2927179]  includes
│   ├── [2929844]  index.php
│   ├── [2897001]  index.php.sample
│   ├── [2897002]  install.php
│   ├── [2881359]  js
│   ├── [2880620]  lib
│   ├── [2929845]  mage
│   ├── [2918337]  media
│   ├── [2897014]  php.ini.sample
│   ├── [2933708]  pkginfo
│   ├── [2918326]  shell
│   ├── [2920324]  skin
│   └── [2918323]  var
└── [2316419]  vendor
    ├── [2937293]  autoload.php
    ├── [2935837]  bin
    │   ├── [2935982]  composer -> ../composer/composer/bin/composer
    │   ├── [2935822]  jsonlint -> ../seld/jsonlint/bin/jsonlint
    │   └── [2936962]  n98-magerun -> ../n98/magerun/bin/n98-magerun
    ├── [2880500]  composer
    │   ├── [2937295]  ClassLoader.php
    │   ├── [2937292]  autoload_classmap.php
    │   ├── [2937291]  autoload_namespaces.php
    │   ├── [2937294]  autoload_real.php
    │   ├── [2935909]  composer
    │   └── [2880501]  installed.json
    ├── [2880502]  connect20
    │   ├── [2930889]  Interface_Adminhtml_Default
    │   ├── [2927524]  Interface_Frontend_Base_Default
    │   ├── [2930349]  Interface_Frontend_Default
    │   ├── [2930211]  Interface_Install_Default
    │   ├── [2881900]  Lib_Js_Calendar
    │   ├── [2922092]  Lib_Js_Ext
    │   ├── [2881682]  Lib_Js_Mage
    │   ├── [2881188]  Lib_Js_Prototype
    │   ├── [2920801]  Lib_Js_TinyMCE
    │   ├── [2922045]  Lib_LinLibertineFont
    │   ├── [2880503]  Lib_Mage
    │   ├── [2890197]  Lib_Varien
    │   ├── [2933703]  Mage_All_Latest
    │   ├── [2929443]  Mage_Centinel
    │   ├── [2927111]  Mage_Compiler
    │   ├── [2922941]  Mage_Core_Adminhtml
    │   ├── [2890779]  Mage_Core_Modules
    |   │   ├── [2890782]  LICENSE.html
    |   │   ├── [2890783]  LICENSE.txt
    |   │   ├── [2890784]  LICENSE_AFL.txt
    |   │   ├── [2890785]  RELEASE_NOTES.txt
    |   │   ├── [2890786]  api.php
    |   │   ├── [2890787]  app
    |   │   ├── [2896972]  cron.php
    |   │   ├── [2896973]  cron.sh
    |   │   ├── [2896974]  errors
    |   │   ├── [2896999]  favicon.ico
    |   │   ├── [2897000]  get.php
    |   │   ├── [2897001]  index.php.sample
    |   │   ├── [2897002]  install.php
    |   │   ├── [2897003]  lib
    |   │   ├── [2897005]  media
    |   │   ├── [2897013]  package.xml
    |   │   ├── [2897014]  php.ini.sample
    |   │   ├── [2897015]  shell
    |   │   └── [2897020]  var
    │   ├── [2929627]  Mage_Downloader
    │   ├── [2880822]  Mage_Locale_en_US
    │   ├── [2918387]  Magento_Mobile
    │   ├── [2927194]  Phoenix_Moneybookers
    │   ├── [2881986]  lib_google_checkout
    │   ├── [2881125]  lib_phpseclib
    │   └── [2882027]  lib_zf
    ├── [2933711]  fbrnc
    │   └── [2933713]  Aoe_TemplateHints
    ├── [2936579]  fzaninotto
    │   └── [2936580]  faker
    ├── [2935839]  justinrainbow
    │   └── [2935840]  json-schema
    ├── [2880372]  magento-hackathon
    │   └── [2880374]  magento-composer-installer
    ├── [2936700]  n98
    │   ├── [2936703]  junit-xml
    │   └── [2936823]  magerun
    ├── [2935813]  seld
    │   └── [2935814]  jsonlint
    ├── [2934770]  symfony
    │   ├── [2934771]  console
    │   ├── [2935688]  finder
    │   ├── [2935600]  process
    │   ├── [2935053]  translation
    │   ├── [2935298]  validator
    │   └── [2935635]  yaml
    └── [2933965]  twig
        └── [2933971]  twig