MySQLの「暗黙のトランザクションコミット」対策：トランザクション中でも安全にCREATE TABLEなどをする方法 ref: http://qiita.com/items/2545

file0.php

<?php

$dbname = 'test';
$host   = 'localhost';
$user   = 'root';
$pass   = 'root';
$dsn    = sprintf('mysql:dbname=%s;host=%s', $dbname, $host);

$options = array(
    PDO::ATTR_ORACLE_NULLS       => PDO::NULL_NATURAL,
    PDO::ATTR_DEFAULT_FETCH_MODE => PDO::FETCH_ASSOC,
    PDO::ATTR_ERRMODE            => PDO::ERRMODE_EXCEPTION,
    PDO::ATTR_AUTOCOMMIT         => true,
    PDO::MYSQL_ATTR_INIT_COMMAND => 'SET NAMES utf8',
    PDO::ATTR_EMULATE_PREPARES   => false,
);

/**
 * クエリーをログできるようにしたPDO
 */
class MyPDO extends PDO
{
    public function query($query)
    {
        $this->_print($query);
        $arguments = func_get_args();
        return call_user_func_array(array('parent', 'query'), $arguments);
    }

    public function beginTransaction()
    {
        $this->_print('BEGIN');
        parent::beginTransaction();
    }

    public function rollBack()
    {
        $this->_print('ROLLBACK');
        parent::rollBack();
    }

    protected function _print($query)
    {
        static $count = 1;
        echo $count.') '.$query.';'.PHP_EOL;
        $count += 1;
    }
}


echo "暗黙のトランザクションコミットが走るかどうかの実験\n\n";

// 下準備
/** @var PDO $pdo  */
$pdo = new MyPDO($dsn, $user, $pass, $options);
$pdo->query('DROP TABLE IF EXISTS foo');
$pdo->query('DROP TABLE IF EXISTS baz');
$pdo->query('CREATE TABLE foo (bar VARCHAR(255)) ENGINE=InnoDB');
$pdo->query('INSERT INTO foo (bar) VALUES ("a"), ("b"), ("c")');

// 更新処理
$pdo->beginTransaction(); // トランザクション開始
$pdo->query('DELETE FROM foo'); // fooテーブルのレコードすべて削除
$pdo->query('CREATE TABLE baz (bazbaz VARCHAR(255)) ENGINE=InnoDB'); // 暗黙のトランザクションコミットが走る
$pdo->rollBack(); // ロールバック！
var_export($pdo->query('SELECT * FROM foo')->fetchAll()); // ロールバックが効いていないので fooテーブルには何も残ってない


echo "\n\nCREATE TABLE文を別コネクションにしたら,
暗黙のトランザクションコミットがどうなるかの実験\n\n";

// 下準備
/** @var PDO $pdo  */
$pdo = new MyPDO($dsn, $user, $pass, $options);
$pdoAnother = new MyPDO($dsn, $user, $pass, $options);
$pdo->query('DROP TABLE IF EXISTS foo');
$pdo->query('DROP TABLE IF EXISTS baz');
$pdo->query('CREATE TABLE foo (bar VARCHAR(255)) ENGINE=InnoDB');
$pdo->query('INSERT INTO foo (bar) VALUES ("a"), ("b"), ("c")');

// 更新処理
$pdo->beginTransaction(); // トランザクション開始
$pdo->query('DELETE FROM foo'); // fooテーブルのレコードすべて削除
$pdoAnother->query('CREATE TABLE baz (bazbaz VARCHAR(255)) ENGINE=InnoDB'); // 別コネクションなのでトランザクションには影響ない
$pdo->rollBack(); // ロールバック！
var_export($pdo->query('SELECT * FROM foo')->fetchAll()); // ロールバックが効いているので、fooテーブルは元通りになっている

実行結果

php TransactionWithCreateTable.php 
暗黙のトランザクションコミットが走るかどうかの実験

1) DROP TABLE IF EXISTS foo;
2) DROP TABLE IF EXISTS baz;
3) CREATE TABLE foo (bar VARCHAR(255)) ENGINE=InnoDB;
4) INSERT INTO foo (bar) VALUES ("a"), ("b"), ("c");
5) BEGIN;
6) DELETE FROM foo;
7) CREATE TABLE baz (bazbaz VARCHAR(255)) ENGINE=InnoDB;
8) ROLLBACK;
9) SELECT * FROM foo;
array (
)

CREATE TABLE文を別コネクションにしたら,
暗黙のトランザクションコミットがどうなるかの実験

10) DROP TABLE IF EXISTS foo;
11) DROP TABLE IF EXISTS baz;
12) CREATE TABLE foo (bar VARCHAR(255)) ENGINE=InnoDB;
13) INSERT INTO foo (bar) VALUES ("a"), ("b"), ("c");
14) BEGIN;
15) DELETE FROM foo;
16) CREATE TABLE baz (bazbaz VARCHAR(255)) ENGINE=InnoDB;
17) ROLLBACK;
18) SELECT * FROM foo;
array (
  0 => 
  array (
    'bar' => 'a',
  ),
  1 => 
  array (
    'bar' => 'b',
  ),
  2 => 
  array (
    'bar' => 'c',
  ),
)