gistfile1.txt

var data = [
  [0, 5],
  [0, 5],
  [2, 5],
  [5, 6],
  [6, 8],
  [6, 11],
];

// Сортировка по левому значению
// Меньшие левые числа идут первее.
data.sort(function (a, b) {
  if (a[0] > b[0]) return  1;
  if (a[0] < b[0]) return -1;

  return 0;
});

// Сортировка по правому значению
// Большие правые числа идут первее.
data.sort(function (a, b) {
  if (a[0] == b[0] && a[1] < b[1]) return 1;
  return 0;
});

// Каждый следующий отрезок должен быть спереди предыдущего и самым длинным
var line = [0, 0];
var result = [];

data.forEach(function(x) {
  if (x[0] >= line[0] && x[1] > line[1]) {
    result.push(line = [x[0], x[1]]);
  }
});

console.log(result);