Sempre que a segue de destino for uma UINavigationController usar o seguinte trecho de código.

.swift

override func prepare(for segue: UIStoryboardSegue, sender: Any?) {
  if segue.identifier == "meu_identificador" {
    if let destinationNavigationController = segue.destination as? UINavigationController,
      let targetController = destinationNavigationController.topViewController as? meu_controller {
        ...
    }
  }
}