Move along a 2D numpy array in weave/inline

2Darray.py

import numpy as np
import scipy as sp

from scipy.weave import inline

def along2Darray(rows,cols):
	arr = np.zeros((rows,cols))
	code = """
		int Pos;
		for(int Row = 0; Row < rows; Row++)
		{
			for(int Col = 0; Col < cols; Col++)
			{
				Pos = Row*cols + Col;
				arr[Pos] = Pos;
		return_val = 1;
	"""
	res = inline(code, ['arr','cols','rows'], headers = ['<math.h>'], compiler = 'gcc')
	return arr

newarr = along2Darray(10,10)

# Things to know
# 1 - Narr will have infos about the size of the array, so passing 'rows' and 'cols' is not necessary
# 2 - inline modifies the original array, so this is not a copy. Use np.copy if you want to keep the original array intact
# 3 - using the blitz library allows to of arr(Row,Col) instead of finding the position

Ouais, bonne ide. En attendant, je suis pass de 2e5 generations en 6 heures 1e6 gnrations en 3 heures sur mon portable. Et sur le serveur, c'est encore plus rentable a+ t Le 14 dc. 2011 14:41, Philippe Desjardins-Proulx a crit :

…

Il faudrait essayer avec le compilateur d'intel (icc), il est hyper-rapide surtout pour les math/matrices. Il est install sur le serveur et il est gratuit sur Linux :P --- Reply to this email directly or view it on GitHub: https://gist.github.com/1477488

--- Timothe Poisot, PhD Universit du Qubec Rimouski Dpartement de Biologie, Room A-017 300, Alle des Ursulines Rimouski (QC), G5L 3A1 Email [email protected] Web http://www.timotheepoisot.fr/ Skype timothee.poisot ## Office (418) 723-1986 # 1751