ウィンドウの中身だけをずらすサンプルです。

WindowContentsOffset.js

(function() {
    'use strict';

    var offsetY = 10;

    var _Window_Help__refreshContents = Window_Help.prototype._refreshContents;
    Window_Help.prototype._refreshContents = function() {
        _Window_Help__refreshContents.apply(this, arguments);
        this._windowContentsSprite.y += offsetY;
    };
})();