Cygwinでは、 /usr/share/texmf-dist/tex/lualatex/pandocjsarticle/
のように適当なところにクラスファイルを置いておく。
あと、mktexlsr
を忘れずに。
pandoc -f markdown -t latex -V geometry:margin=1in -V documentclass=pandocjsarticle --latex-engine=lualatex -H h.tex input.md -o output.pdf
のように実行する。
単純な書式のPandoc Markdownからなら、ltjsarticle
がそのまま使えた。