Refactoring code: Dei uma refatorada em um antigo código em uma noite chata de sábado. Não está ainda 100%, mas tá bem melhor.

gistfile1.js

$(document).ready(function() {
"use strict"

 var _conometro      = $(".conometro"),
     _perguntas      = $(".perguntas"),
     _play           = $(".play"),
     _inputResposta  = $("#resposta"),
     acertos = 0,
     erros = 0,
     relatorioErros = [],
     relatorioAcertos = [],
     operandoLeft = 10,
     operandoRight = 10,
     saida = null,
     incrementaConometro = 0,
     stop = 5,
     estado = true,
     operando1 = null,
     operando2 = null,
     resultadoDosOperandos = null,
     aviso = null,
     total = null;



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// Função Play() inicia o Game...
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_play.click( function() {

   conometro(incrementaConometro, stop);
   mostraAsPerguntas(estado);
   gerandoAsPerguntas(2);
   $(this).fadeOut('slow');

   
////////////////////////////////////////////////////
// Função buttonResponder() Chama a função que gera 
// os números Ramdomicos a cada click...
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$('<button type="button" class="btn btn-warning responder">Confirmar</button>').insertAfter('.play');
  var buttonResponder = $(".responder"); 
      buttonResponder.click( function() {

        resultadoDosOperandos = Number(operando1 * operando2);
        var resposta = Number(_inputResposta.val());
        gerandoAsPerguntas(2);

        if (resposta == resultadoDosOperandos) {
          acertos += 1;
          relatorioAcertos.push(saida + " = " + resposta);
        } 
        else {
        erros += 1;
        if (acertos != 0 || erros != 0  && resposta == 0) {
          resposta = "Pulou";
        }
          relatorioErros.push(saida + " = " + resposta);
        }
        document.getElementById('resposta').value = '';
        document.getElementById('resposta').focus();

});
////////////////////////////////////////////////////
 
}); 
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// Função gerandoAsPerguntas() Gera todos os números Randomicos...
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function gerandoAsPerguntas(tipoOperacao) {
    if (tipoOperacao == 1) {
    	operandoLeft  = Math.floor(Math.random() * operandoLeft + 0);
    	operandoRight = Math.floor(Math.random() * operandoRight + 0);
      saida = operandoLeft + " + " + operandoRight;
    	_perguntas.text(saida);
    } 
    else if (tipoOperacao == 2) {
    	operando1 = Math.floor(Math.random() * operandoLeft + 0),
    	operando2 = Math.floor(Math.random() * operandoRight + 0);
    	saida = operando1 + " x " + operando2 + " = ?";
      _perguntas.text(saida);
    }
} 
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// Função mostraAsPerguntas() mostra os elementos que apresentam as perguntas...
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function mostraAsPerguntas(estado) {
	var classStyle = $(".style");
  if (estado == true) {
	  classStyle.fadeIn('slow');
	  $("#resposta").fadeIn('slow');
	} 
  else {
		classStyle.fadeOut('slow');
		$("#resposta").fadeIn('slow');
	}
} 
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// Função conometro() cria o conometro...
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function conometro(incrementaConometro) {
  var dispara = setInterval( function() {
      incrementaConometro += 1;
     _conometro.text(incrementaConometro);

//////////////////////////////////////////////
// Função paraConometro() para o conometro...
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function paraConometro(dispara) {
  if (incrementaConometro == stop) {
    clearInterval(dispara);
    $(".responder").fadeOut('slow');
    $("#resposta").fadeOut('slow');
    _perguntas.text("");
    mostraOsRelatorios();
  }
}
paraConometro(dispara);
 }, 1000);
} 
////////////////////////////////////////////////


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// Função mostraOsRelatorios() mostra as perguntas 
// erradas e que o usuario pulou e que também são
// concideradas erradas...
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function mostraOsRelatorios() {
  if (relatorioErros.length > 0) {

    for (var cont = 0; cont < relatorioErros.length; cont++) {
      _perguntas.append("Errado: " + relatorioErros[cont] + "<br>");
    }
  }

  $('<p class="textExtra"></p>').insertBefore('.perguntas');
  aviso = $(".textExtra");
  aviso.append("<h3>Fim de jogo:</h3> Vejá abaixo os resultados do seu desempenho.");
  desempenhoDoJogador();
  quantasPerguntasRespondeu();
  resetarJogo();
}
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// Função desempenhoDoJogador() apresenta o desempenho do jogador ao final do game...
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function desempenhoDoJogador() {
   if (acertos < 1 && erros < 1) {
      aviso.append("<br> <h3>Ops:</h3> Tem realmente alguém na frente do computador? Pois não respondeu nenhuma pergunta.");
   } 
   else if (acertos < erros) {
      aviso.append("<br> <br> Você precisa estudar mais 'Cara de melão'");
   }  
}
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// Função quantasPerguntasRespondeu() apresenta quantas perguntas o usuario respondeu
// e qunatas acertou e quantas errou...
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function quantasPerguntasRespondeu() {
  var concordancia = " pergunta";
  total = erros + acertos;
  if (total != 0) {
    if (total > 1) {
      concordancia = " perguntas";
    }
    if (acertos < 1) {
      acertos = " nenhuma";
    }
    aviso.append("<br> <hr> Você respondeu " + total + concordancia + ", sendo que errou " + erros + " e acertou " + acertos + ".");
  }
}
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////////////////////////////////////////////////////////////////
// Função resetarJogo() atualiza a página Após click no link...
///////////////////////////////////////////////////////////////
function resetarJogo() {
  $('<a href="index.html" class="btn btn-warning">Resetar o jogo</a>').insertBefore('.responder');
}
///////////////////////////////////////

}); // end jquery...