Se você deseja remover este arquivo do repositório e fazer com que ele não fique mais versionado no mesmo, você precisa adicionar ele no .gitignore e remover ele usando o comando abaixo:
git rm --cached package-lock.json
Agora, se você deseja manter este arquivo no repositório mas não quer que qualquer nova mudança nele possa ser commitada, você deve usar o comando
git update-index --assume-unchanged package-lock.json
Se quiser voltar a rastrear as alterações nele:
git update-index --no-assume-unchanged package-lock.json