Git — система контроля версий (файлов). Что-то вроде возможности сохраняться в компьютерных играх (в Git эквивалент игрового сохранения — коммит).
Любой файл в папке существующего репозитория может находиться или не находиться под версионным контролем (отслеживаемые и неотслеживаемые).
Неотслеживаемые файлы можно в любой момент сделать отслеживаемыми и наоборот.