writeXStringset.R

# パッケージのインストール
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Biostrings")

# パッケージのロード
library(Biostrings)

# 読み込むmultifastaファイルの指定(ここでは組み込みのデータを使用)
# 例: inFileName <- "sample.fasta"

inFileName <- system.file("extdata", "someORF.fa",package="Biostrings")

# 指定したファイルを読み込む
sample <- readDNAStringSet(inFileName)

# > sample
#   A DNAStringSet instance of length 7
#     width seq                                               names               
# [1]  5573 ACTTGTAAATATATCTTTTATTT...CTTATCGACCTTATTGTTGATAT YAL001C TFC3 SGDI...
# [2]  5825 TTCCAAGGCCGATGAATTCGACT...AGTAAATTTTTTTCTATTCTCTT YAL002W VPS8 SGDI...
# [3]  2987 CTTCATGTCAGCCTGCACTTCTG...TGGTACTCATGTAGCTGCCTCAT YAL003W EFB1 SGDI...
# [4]  3929 CACTCATATCGGGGGTCTTACTT...TGTCCCGAAACACGAAAAAGTAC YAL005C SSA1 SGDI...
# [5]  2648 AGAGAAAGAGTTTCACTTCTTGA...ATATAATTTATGTGTGAACATAG YAL007C ERP2 SGDI...
# [6]  2597 GTGTCCGGGCCTCGCAGGCGTTC...AAGTTTTGGCAGAATGTACTTTT YAL008W FUN14 SGD...
# [7]  2780 CAAGATAATGTCAAAGTTAGTGG...GCTAAGGAAGAAAAAAAAATCAC YAL009W SPO7 SGDI...


# for文で要素ごとに書き出す
for (i in 1:length(sample)){
  outFileName  <- paste("sample_",i,".fa",sep="")
  writeXStringSet(sample[i], file=outFileName)
}

# 分割したファイルを読み込んでみる
sample_1 <- readDNAStringSet("sample_1.fa")

# 中身を確認
sample_1
# > sample_1
#   A DNAStringSet instance of length 1
#     width seq                                               names               
# [1]  5573 ACTTGTAAATATATCTTTTATTT...CTTATCGACCTTATTGTTGATAT YAL001C TFC3 SGDI...