Wojtek Bażant wbazant

Summary

These experiments had columns that were all NA, and our stuff failed on them:

E-MTAB-2039 Oryza sativa, Nipponbare RNA-Seq - Conserved Poaceae Specific Genes Project
E-MTAB-4400 Sorghum bicolor, BTx623 RNA-Seq - Conserved Poaceae Specific Genes Project
E-MTAB-4401 Brachypodium distachyon, Bd21 RNA-Seq - Conserved Poaceae Specific Genes Project
E-MTAB-4818 Solanum lycopersicumTranscriptome or Gene expression

This probably also needs an ISL rerun because not all assays are present in files:


	#configuration.xml has 16 assays, and it's from 2016

	[fg_atlas@ebi-cli-001 analysis_archive]$ ls -latorh /nfs/production3/ma/home/atlas3-production/analysis/baseline/rna-seq/experiments/E-GEOD-42871/E-GEOD-42871-configuration.xml
	-rw-r--r-- 1 fg_atlas 1.8K Feb 8 2016 /nfs/production3/ma/home/atlas3-production/analysis/baseline/rna-seq/experiments/E-GEOD-42871/E-GEOD-42871-configuration.xml
	[fg_atlas@ebi-cli-001 analysis_archive]$ grep '<assay>' /nfs/production3/ma/home/atlas3-production/analysis/baseline/rna-seq/experiments/E-GEOD-42871/E-GEOD-42871-configuration.xml \| wc -l
	16


	#data files in the folder match the configuration.xml: 17 columns, one is gene name

	[fg_atlas@ebi-cli-003 E-MTAB-5214]$ mv gtex.dom.trans.tsv E-MTAB-5214-transcripts-tpms.tsv.undecorated
	[fg_atlas@ebi-cli-003 E-MTAB-5214]$ $projectRoot/irap/gxa_summarizeExpressionUnits.pl \
	> > --quantile-normalize --aggregate-technical-replicates \
	> > --configuration ${expTargetDir}/${expAcc}-configuration.xml \
	> > --input ${expTargetDir}/${expAcc}-transcripts-tpms.tsv.undecorated \
	> > --output ${expTargetDir}^C{expAcc}-transcripts-tpms.tsv.undecorated.aggregated
	[fg_atlas@ebi-cli-003 E-MTAB-5214]$ $projectRoot/irap/gxa_summarizeExpressionUnits.pl --quantile-normalize --aggregate-technical-replicates --configuration ${expTargetDir}/${expAcc}-configuration.xml --input ${expTargetDir}/${expAcc}-transcripts-tpms.tsv.undecorated --output ${expTargetDir}/${expAcc}-transcripts-tpms.tsv.undecorated.aggregated
	INFO - Reading XML config from /nfs/public/ro/fg/atlas/experiments_test/E-MTAB-5214/E-MTAB-5214-configuration.xml ...
	INFO - Successfully read XML config.
	INFO - Reading matrix from /n

	0. (the main proposal)
	\| filters \| Results for /homo sapiens/ across /organism parts/
	\| \| ✗ include results across developmental stages from "HDBR developing brain" , "Fantom 5"
	\| \| ✗ include proteomics results from 3 experiments
	\| \| ----------
	\| \| \| heatmap 1\|
	\| \| ----------
	\| \|
	\| \|
	\| \| Results for /homo sapiens/ across /organism parts/

	[13:04] <huf> once again i managed to buy socks that are nearly the same color but not quite
	[13:04] == pmurias [[email protected]] has left #perl []
	[13:04] <huf> what fun i'll have mispairing them
	[13:08] == Secret113 [a37869e1@gateway/web/freenode/ip.163.120.105.225] has quit [Ping timeout: 260 seconds]
	[13:09] == orannis_ [[email protected]] has joined #perl
	[13:09] <sibiria> in hungary one buys socks a piece? as in, "i need to buy a sock, i hope i can get one that looks like one of my others"
	[13:09] <jantje> huf: put rfid tags in 'm and scan 'm !
	[13:10] <sibiria> i cannot imagine this plight
	[13:10] <huf> sibiria: um, you should ponder this a bit more
	[13:10] <huf> there must be an explanation that's reasonable

	Studentów ostatniego i przedostatniego roku studiów witamy z powrotem na studiach! :D Tutaj w Cam zaczął się właśnie pierwszy semestr, dzieje się masa wydarzeń poświęconych pracy / karierze, a niejeden student właśnie odkrywa w sobie pasję do doradzania w zakresie zarządzania. Chciałbym przy tej okazji przypomnieć o grupie którą tu mamy, i dać rady - najlepsze.

	Z ostatniego roku pamiętam wielką presję żeby mieć "ustawioną" pracę po studiach i swoje wysyłane dziesiątki aplikacji. Dużo jest zalet znalezienia pracy jeszcze na studiach - ułatwia je dostęp do różnych wydarzeń i careers office - ale perspektywa, że inaczej też się da, może uczynić poszukiwania mniej stresującymi :)

	Duże firmy mają budżety na szukanie kandydatów topowych uczelni i mocno się reklamują - ale opcji życiowych jest dużo więcej niż Google, banki, konsulting, i parę zawsze tych samych mniejszych firm które nauczyły się rekrutować tylko z topowych uczelni. Pierwsza praca w takiej firmie jest często świetna - o tym zaraz - ale z drugiej st

	Studentów ostatniego i przedostatniego roku studiów witam z powrotem na studiach! :D Tutaj w Cam zaczął się właśnie pierwszy semestr, dzieje się masa wydarzeń poświęconych pracy / karierze, a niejeden student właśnie odkrywa w sobie pasję do doradzania w zakresie zarządzania. Chciałbym przy tej okazji przypomnieć o grupie którą tu mamy, i dać rady - najlepsze.

	Jeśli jesteście w bardzo wczesnym stadium wyboru przyszłej pracy, polecam przede wszystkim career guide z 80000 Hours, świetne artykuły np. o tym co to jest elastyczny potencjał zawodowy albo jaka praca przynosi ludziom satysfakcję i skąd się takie coś bierze. Polecam ich w ogóle otwarcie i do wszystkiego bo to nonprofit z którego misją się zgadzam: promowaniu etycznych karier.

	W późniejszych etapach wyboru ścieżki kariery, i tym jak ją osiągnąć - polecam członków grupy facebookowej Polish @ UWC :) Mamy tu przedstawicieli różnych niszowych zawodów i robimy ciekawe rzeczy. Bankierów, konsultantów, prawników topowych firm też mamy - i chętnie Wam udzie

	>HmN_000814400.1 Hymenolepis microstoma WormBase ParaSite 9
	MDVKRLQIEIDHSKLQTAIDAASGALRRTRSNQERATIVRQAMDDRYGPAWSCVTGMDFG
	SEIPYLPENFAFFTVNNVSXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
	XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
	XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
	XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
	XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
	XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
	XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
	XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX