にしかわさんへ

gistfile1.php

<?php
add_filter('the_content', 'my_shortcode', 7);

function my_shortcode( $content ) {
	global $shortcode_tags;

	$shortcode_tags_org = $shortcode_tags;
	remove_all_shortcodes();
	add_shortcode('code', 'my_shortcode_handler');
	$content = do_shortcode( $content );
	$shortcode_tags = $shortcode_tags_org;

	return $content;
}

function my_shortcode_handler($atts, $content = null) {
	extract(shortcode_atts(array(
		'class' => 'code',
		'encode' => 'true',
		), $atts));

	if (strtolower($encode) === 'true')
		$content = htmlentities($content, ENT_QUOTES, get_option('blog_charset'));

	return sprintf(
		'<pre class="%s"><code>%s</code></pre>'."\n\n",
		esc_attr($class),
		esc_html($content),
		);
}

gistfile2.php

<?php
add_shortcode('code', 'my_shortcode_handler');

function my_shortcode_handler($atts, $content = null) {
	extract(shortcode_atts(array(
		'class' => 'code',
		'encode' => 'true',
		), $atts));

	if (strtolower($encode) === 'true')
		$content = htmlentities($content, ENT_QUOTES, get_option('blog_charset'));

	return sprintf(
		'<pre class="%s"><code>%s</code></pre>'."\n\n",
		esc_attr($class),
		esc_html($content),
		);
}

gistfile2.php の方だと the_content フィルターフックに登録されている autop 通ると勝手に br とか p が [code] [/code] の中にも入っちゃって、思ったような出力にならないので、gistfile1.php では、いったんこのショートコードだけ実行させてます。
ちょいトリッキー