TeX Liveを使っている人向けの情報です。 ちなみに某科学類の計算機にはTeX Live（2013）がインストールされています。
ここで紹介しているパッケージは全てTeX Liveに入っているので、 特別な操作をしなくてもそのままコンパイルできます。
プログラムやエディタの機能を用いてdvipdfmxへ置換するとよいです。
もちろんコンパイルする際にも dvipdfm コマンドではなくて、 dvipdfmx コマンドを用いるべきです。
dvipdfm vs dvipdfmx 問題は日本人のための LaTeX タブー集 ～画像読込編～ に詳しいことが書かれています。
CTAN（TeXのパッケージがまとめられているところ） のtimesパッケージのところに次のようにあります。
The package is now obsolete, replaced by the mathptmx package, which supports Times Roman text and (mostly) matching mathematics.
The package remains available, for compatibility; both it and mathptmx are part of psnfss.
なので、mathptmxパッケージなどを使うのがいいと思います。
24行目のところ、
%\usepackage[dvipdfmx,bookmarks=true,bookmarksnumbered=true,bookmarkstype=toc]{hyperref}（もとはdvipdfmになっていますが、それは修正してあります）
これをコメントアウトして使うと、目次の文字列が文字化けして破滅します。
pxjahyperパッケージを使って次のようにすると上手くいきます。
\usepackage[dvipdfmx,bookmarks=true,bookmarksnumbered=true,bookmarkstype=toc]{hyperref}
\usepackage{pxjahyper}153行目あたりに次のように書いてあります。
%% 参考文献に jbibtex を使う場合
%\bibliographystyle{junsrt}
%\bibliography{samplebib}
%% [compile] jbibtex sample; platex sample; platex sample;しかし、 jbibtex コマンドは pbibtex コマンドという名前になったので、 ターミナルで jbibtex というコマンドを実行しても何も起きないです。
この辺の作業をしたい人は latexmk という、 TeXのコンパイルの設定をまとめたMakefileのようなものを使うと便利です。
http://konn-san.com/prog/why-not-latexmk.html
（OMakeは非常に優秀なツールだと僕は思います）
いろいろ不味いことはあるけど、残りは 使ってはいけない LaTeX のコマンド・パッケージ・作法 に従えばいいと思います。
上のWebサイトでは\oddsidemarginなどを直接変更するのはまずいと主張しています。
ただgeometoryパッケージなどを
用いて同じような見た目の組版を作るのは面倒なので、まあいいかと僕は思います。