htaccess para eliminar index.php en Codeigniter

.htaccess

RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index\.php|images|php|script|styles|js|css)
RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]

hola una pregunta!!!.
yo estoy trabajando con una plantilla la cual esta fuera system y aplicacion, y mi controlador de inicio es login, donde cargo la vista y tambien un metodo para validar los datos del login. mi pregunta es por que cuando me logeo no me redirecciona a la url con el controlador y el metodo que ya les mencione "velificar". estube probando con la simplificacion de index.php en el .htaccess la cual si funciona pero cuando lo pongo que no testringa la carpeta donde se aloja la plantilla se quita los estilos de la vista y para este caso si me procesa los datos cuando me logeo, pero como ya sabran esto me restringe la carpeta de la plantilla.
Nota: para el form del login estoy utilizando del helper de codeigniter. este es mi codigo vista login:

<?= form_open('main/identify') ?> <div class="input-group"> <span class="input-group-addon" id="basic-addon1"> <i class="fa fa-user" aria-hidden="true"></i></span> <?= form_input($user) ?> </div> <div class="input-group"> <span class="input-group-addon" id="basic-addon2"> <i class="fa fa-key" aria-hidden="true"></i></span> <?= form_password($pass) ?> </div> <div class="text-center"> <?= form_input($submit) ?> </div> <?= form_close() ?>

este el codigo del controlador:

public function index(){
$this->load->view('main');
}
public function identify(){
$user = $this->input->post('username');
$pass = $this->input->post('password');
$result = $this->servicefire->Auth($user, $pass);
if ($result != null) {
header('location:'.base_url('admin/index'));
}else{
header('location:'.base_url());
}
}

este es mi .htaccess:

RewriteEngine on
RewriteCond $1 !^(index.php|robots.txt|sitemap.xml|template)
RewriteRule ^(.*)$ index.php/$1 [L]

Duda, el .htaccess lo estan agregando en cada APP
O en raiz
es mi primer dia en CodeIgniter

Hola, debes agregarlo en la raiz de tu aplicacion.
ejemplo:

• application
• system
• .htaccess -> en la raiz debe ir

Hola, a los que no les funciona aun, recuerden que deben habilitar en el httpd.conf de apache la propiedad AllowOverride a All

ERROR falta un (?):

Si el archivo/directorio no existe, redireccionamos

RewriteRule ^(.*)$ /index.php/$1 [L]

CORRECTO:
RewriteRule ^(.*)$ index.php?/$1 [L]