arq5x

echo "http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeBroadHmm/wgEncodeBroadHmmGm12878HMM.bed.gz
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeBroadHmm/wgEncodeBroadHmmH1hescHMM.bed.gz
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeBroadHmm/wgEncodeBroadHmmHepg2HMM.bed.gz
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeBroadHmm/wgEncodeBroadHmmHmecHMM.bed.gz
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeBroadHmm/wgEncodeBroadHmmHsmmHMM.bed.gz
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeBroadHmm/wgEncodeBroadHmmHuvecHMM.bed.gz
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeBroadHmm/wgEncodeBroadHmmK562HMM.bed.gz
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeBroadHmm/wgEncodeBroadHmmNhekHMM.bed.gz
http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/encodeDCC/wgEncodeBroadHmm/wgEncodeBroadHmmNhlfHMM.bed.gz" \
> chromhmm-files.txt

mchirico

/*
  This is an example of a golang gzip writer program,
  which appends data to a file.
  


*/

package main

brentp

"""
split a single fastq file in to random, non-overlapping subsets
arguments:
+ fastq file
+ number of splits
+ number of reps

e.g.:

    python fq.split.py input.fastq 3 4

soh-i

import java.io.File
import net.sf.samtools.SAMFileReader
import net.sf.samtools.SAMFileWriter
import net.sf.samtools.SAMFileWriterFactory
import net.sf.samtools.SAMRecord
import net.sf.samtools.SAMRecordIterator
import net.sf.samtools.SAMFileReader.ValidationStringency


object BamReader {

inutano

DDBJパイプラインとGalaxyによるデータ解析

情報・システム研究機構
ライフサイエンス統合データベースセンター
大田達郎 [email protected]

prepared for AJACS岩手
December 5, 2014

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chris1610

t-nissie

Julia練習帳

The Julia Expressを参考にJuliaを自習する。

他に

• http://www.slideshare.net/Nikoriks/julia-28059489
• http://julialang.org/blog/2013/03/julia-tutorial-MIT/
• http://marui.hatenablog.com/category/Julia

lcolladotor

library('GenomicRanges')
library('derfinderData')
library('rtracklayer')
library('devtools')

## Find some bigwigs
bw <- dir(system.file('extdata', 'A1C', package = 'derfinderData'), full.names = TRUE)

## Regions to import
gr <- GRanges(c('chr21', 'chr21'), IRanges(c(9481564, 9963234), width = 1000))

mapk0y

Mac では Chrome や Safari の Proxy 設定は接続環境（Wi-Fi や Ethernet など）に紐付いて設定できるシステム設定に依存している。 これらを GUI で設定する際に、Wi-Fi や Ethernet のならば proxy.pac（自動プロキシ構成スクリプト）を設定できるが、 USB テザリング（今回は iPhone USB というデバイス名）や Bluetooth テザリングの場合設定が出てこない。 今回は、これらを CUI で設定する方法を紹介する。パラメータ次第では、 proxy.pac だけではなく通常の proxy も変更できる。

ちなみに、Bluetooth テザリングの場合 Wi-Fi の設定を見ているようで、下記設定をしなくても Wi-Fi が On で Proxy 設定がされていればそちらを見る模様。

手順

ktnyt

import argparse
import numpy as np
from chainer import Variable, FunctionSet, optimizers, cuda
import chainer.functions  as F
import cv2
import random
import cPickle as pickle
import sys

class ConvolutionalAutoencoder(FunctionSet):