Cytoscapeへnetworkのimportをしたいと思われるファイルがExcelであり、 そのテーブルフォーマットをどうすればいいかわからない方は多いのではないかと思います。
この記事では理想的なExcelフォーマットとそのimport方法をまとめます。
本記事ではノード、エッジ2つシートを持つxlsを想定しています
ノードのシートは下記のフォーマットが望ましいです。
| ノードのid | ノードのメタデータ1 | ノードのメタデータ2 | ... |
|---|---|---|---|
| ノード1のid | ノード1のメタデータ1 | ノード1のメタデータ2 | ... |
| ノード2のid | ノード2のメタデータ1 | ノード2のメタデータ2 | ... |
エッジのシートは下記のフォーマットが望ましいです。
| エッジのid | ソースノードのid | ターゲットノードのid | エッジのメタデータ1 | エッジのメタデータ2 | ... |
|---|---|---|---|---|---|
| エッジ1のid | ノード1のid | ノード3のid | エッジ1のメタデータ1 | エッジ1のメタデータ2 | ... |
| エッジ2のid | ノード5のid | ノード6のid | エッジ2のメタデータ1 | エッジ2のメタデータ2 | ... |
| ... | ... | ... | ... | ... | ... |
- ツールバーの
をクリックし、上記のxlsファイルを指定します
xls中に2つあるシートの内「ネットワーク」としてimportするのは「エッジのシート」です。 「ノードのシート」は「エッジのシート」を「ネットワーク」としてimportしてからネットワークに対応した「ノードのテーブル」としてimportします。
- シート内で同一名のヘッダー列を作らないようにしてください。
- 行列の行数列数の形状から逸脱したシートの末尾などへの注釈が存在するとimportに失敗します。