exercise2_scTensor.Rmd

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title: "R Notebook"
output: html_notebook
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<p><img alt="logo" width="200" src="https://dl.dropboxusercontent.com/s/nm3k2p6i3k6d6gl/sctensor.png" align="left" /></p>

<h1>Exercise2: scTensorのデモ</h1>


このノートブックでは、1細胞RNA-Seqデータ内に含まれる細胞間相互作用（CCI）を検出するためのR/Bioconductorパッケージ、scTensorの使い方について説明します

まずは、このノートブックの実行に必要なパッケージのインストールとロードを行います

```{r}
# パッケージロード
library("scTensor")
library("SingleCellExperiment")
library("LRBase.Hsa.eg.db")
library("MeSH.Hsa.eg.db")
```

今回は、[Li, Li et al., 2017, Cell](https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1934590917300784?via%3Dihub)で報告された、ヒトの性腺内部に含まれる生殖系細胞（Germline Cells）と、ニッチ環境を形成する体細胞（Somatic Cells）間のCCIについて調べます


<p><img alt="logo2" width="1000" src="https://dl.dropboxusercontent.com/s/bax9wbdsulr15tj/germline.jpg" /></p>

[RNA-Seq Blog](https://www.rna-seqblog.com/single-cell-rna-seq-analysis-maps-development-of-human-germline-cells/)


この論文に関係したデータは、以下の3つのRオブジェクトとして、scTensorパッケージ内に保存されているため、data関数で以下のように呼び出すことができます

なお、__発現量行列の遺伝子は、テストデータとして公開する際、データサイズの制限で、[Highly Variable Genes](http://pklab.med.harvard.edu/scw2014/subpop_tutorial.html)という基準のもと、かなり数を減らしているので、ここでは、あくまでツールの操作感を知るためにこのデータを用います__（生物学的考察までは保証しません、例えば、この論文で注目している、BMPシグナル系のリガンド・受容体ペアの発現は、数を減らした関係で再現できていません）